一种基于免费在线工具的定量PCR引物设计方法_姚建.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2015 年，第34 卷，第12 期，第2779-2784 页 Genomics and Applied Biology, 2015, Vol.34, No.12, 2779-2784 研究报告 Research Report 一种基于免费在线工具的定量PCR 引物设计方法 姚建 董振辉 马雪西 王晓飞* 浙江农林大学, 农业与食品科学学院, 临安, 311300 * 通讯作者, xfwang@ 摘 要 定量PCR (real-time polymerase chain reaction)技术在分子生物学领域被广泛应用，其中SYBR Green 染料法因其简便、经济，深受分子生物学家和检测机构青睐。本研究介绍一种针对SYBR Green 染料法的定量 PCR 引物设计方法，该方法基于免费在线工具的组合设计定量PCR 引物，通过Primer Quest、Primer-BLAST、 UNAFold 以及Beacon DesignerTM Free Edition 获得最佳引物。 关键词 定量PCR, 在线工具, 免费 A Simple Method for Real-time PCR Primer Design Based on Free Online Softwares Yao Jian Dong Zhenhui Ma Xuexi Wang Xiaofei * Agriculture and Food Science Academcy, Zhejiang Agriculture Forest University, Linan, 311300 * Corresponding author, xfwang@ DOI: 10.13417/j.gab.034.002779 Abstract RT-PCR (real-time polymerase chain reaction) is popular in molecular biology. According to the econ- omic choice, SYBR Green, one of the fluorescent reporters, is the most employed by the molecular biologist and testing institution. In this study, we provide a step-by-step protocol to design SYBR Green-based primers with free online software (Primer Quest, Primer-BLAST, UNAFold and Beacon DesignerTM Free Edition). Keywords Real-time PCR, Online software, Free 随着分子生物学的不断发展和成熟，基因表达量 这三种技术针对少量基因时比较合适，而基因数量 检测在科研和检测机构中应用越来越广泛。1985 年 比较大的情况下耗资大。随着各个物种基因组测序 Mullis 发明聚合酶链式反应(polymerase chain reac- 的完善，大量基因的表达分析是一个趋势，在这种情 tion, PCR) ，这一传统的PCR 技术被应用到各个领 况下，SYBR Green 染料法就显得比较方便、快捷、经 域，使得分子生物学有了质的飞跃。但是，传统PCR 济(Maeda et al., 2003; Andersen et al., 2006; 胡艳等, 存在只能定性诊断且易产生假阳性。通过科学家们 2013; Tajadini et al., 2014) 。 的努力，1992 年Higuchi 等(1992)首次采用动态PCR 目前，多家生物公司都有相应的SYBR Green 预 方法和封闭式检测方法对目标核酸数量进行定量分 混系统可供选用，用户仅需根据目的基因设计相应 析，这一成果为定量PCR 技术的发展奠定了基础。 的引物。SYBR Green 是一种结合于所有dsDNA 双 目前，定量PCR 方法主要采用荧光作为标记，应用 螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料，该染料 最普遍的有：Molecular Beacons (公共健康研究中心, 不能区分特异性PCR 产物和引物二聚体(Aarts et al., 美国)、