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植物磷酸化蛋白组学探究进展摘要 蛋白质的磷酸化修饰是最重要、存在最广泛的一种蛋白翻译后修饰方式，蛋白质磷酸化修饰几乎参与所有的关键生命活动过程。磷酸化蛋白质组学主要研究磷酸化蛋白的鉴定、精确的绘图、磷酸化位点的定位、磷酸化水平的定量，并最终揭示其生物学功能。该文在简要地介绍了磷酸化蛋白质组学技术的基础上，主要分析了植物中磷酸化蛋白质组学的研究进展，并总结了植物磷酸化蛋白质组学的研究前景。 关键词 植物；磷酸化；磷酸化蛋白质组学 中图分类号 Q946.1 文献标识码 A 文章编号 1007-5739（2011）12-0047-02 翻译后修饰（Post-translational modification，PTM）对调控蛋白结构和功能十分重要，蛋白质能够被不同的化学残基在多个位点调控。因此，蛋白质的PTMs大幅度增加了蛋白质组的复杂性[1-2]。在PTMs中，蛋白质的磷酸化是最重要和最具特点的[1-4]。细胞过程通过去磷酸化、蛋白激酶（PKs）和磷酸酶的识别被多种途径调控。蛋白质的磷酸化和去磷酸化的特意位点在蛋白结构、活性、稳定性、亚细胞定位和与其他生物分子相互作用方面都有重大的效应。例如，磷酸化可以为特异的结构域创造结合位点，例如14-3-3结构域[5]。在真核系统中，蛋白磷酸化主要发生在丝氨酸（S）、苏氨酸（T）和酪氨酸（Y）残基上，且丝氨酸和苏氨酸残基磷酸化的出现比酪氨酸更加频繁。根据最近在拟南芥的大规模磷酸化研究中，pS、pT、pY的相关丰度被预计分别为85%、10.7%和4.4%[6]，与人类磷酸化蛋白的特征相似[7-9]。 在植物中，发现蛋白磷酸化过程与组织感应光、病原入侵、激素、温度胁迫和营养缺乏等不同的内外部信号有关[10-12]。通过磷酸化蛋白质组系统分析植物在特异生物应答中的激酶及其激活与产生磷酸化蛋白，将为植物生物学过程的大范围调节提供新的思路。 1 植物磷酸化蛋白质组学研究 1.1 发育的种子中存在大量磷酸化蛋白 Agrawal等对发育的油菜籽的磷酸化蛋白质进行了系统的定量[13]，首次就植物磷酸化蛋白质进行大规模定量分析。其中用高分辨率的2-DE通过磷酸化蛋白特异的Pro-Q DPS和LC-MS/MS，鉴定出在种子填充阶段表达的磷酸化蛋白质的存在。Agrawal等首次鉴定出的磷酸化代谢酶有微管蛋白β-8支链、细胞腔结合蛋白、热激蛋白、蛋白酶体蛋白、14-3-3蛋白、膜联蛋白和储藏蛋白cruciferin的亚基，并揭示了在已鉴定的磷酸化蛋白中有44%以上的酶参与了各种代谢途径，暗示了目前的植物代谢调节方面的研究可能仅仅是个开端[14]。 1.2 盐胁迫、核染色质相关蛋白和细胞分化的磷酸化蛋白质组分析 Chitteti和Peng利用2-DE磷酸化蛋白质组的研究方法来鉴定水稻根系盐胁迫下的差异调控磷酸化蛋白[15]。鉴定出38个磷酸化蛋白表现出差异表达，其中20个为上调，18个为下调点，利用MS分析了其中17个上调和11个下调斑点。其中上调磷酸化蛋白包括核糖体蛋白S29、HSP70（dnak-type molecular chaperone）、GST、丙酮酸脱羧化酶同工酶2和小GTP结合蛋白OsRac2。在核染色质相关蛋白的分析中，采用了一种从水稻悬浮培养的细胞中分离核染色质的改进的磷酸化蛋白质组学研究方法，利用2-DE和shotgun蛋白质组研究方法联用，最终应用MS鉴定了共509个蛋白质斑点，269个非冗余蛋白[16]。Chitteti等为研究拟南芥细胞去分化过程中的磷酸化蛋白质组的变化，以拟南芥子叶为材料，分析鉴定了53个假定磷酸化蛋白质[17]。在这53个斑点中有9个在细胞去分化过程中差异表达。这些磷酸化蛋白在翻译水平被类锚定蛋白、叶绿素a/b结合蛋白2、14-3-3蛋白、ATP合成γ支链1、细胞分化ftsH同源蛋白等蛋白所调控。 1.3 植物中的酪氨酸磷酸化 Sugiyama等对拟南芥磷酸化的研究中强调拟南芥的酪氨酸磷酸化程度与人磷酸化蛋白质组十分相近[6]。在1 346个蛋白上共有2 172个非冗余磷酸化位点，其中磷酸丝氨酸、磷酸苏氨酸和磷酸酪氨酸的相对丰度分别为85.0%、10.6%和4.3%。在人磷酸化蛋白质组中，不同样品的磷酸酪氨酸的相对比例被报道为1.8%～6.0%[7-9]。值得注意的是，大多数磷酸化肽段包含的酪氨酸发现被多次磷酸化，且此酪氨酸磷酸化残基似乎发生在其他磷酸化残基附近。人类和拟南芥的磷酸化蛋白质组中酪氨酸磷酸化程度惊人的相似性暗示通常在植物中，至少在拟南芥中，酪氨酸磷酸化是十分重要的。 1.4 胞质核糖体磷酸化蛋白质组学鉴定RPS6和酸性蛋白 1-DE/Pro-Q DPS/TiO2磷酸化肽段富集蛋白质组学研究方法被应用于拟