聚类和树--微阵列与的分子系统发育分析-1.pptVIP

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2017-10-11 发布于湖北
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聚类和树--微阵列与的分子系统发育分析-1.ppt

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聚类和树--微阵列与的分子系统发育分析-1

聚类与树;主要内容;Applications of Clustering;Inferring Gene Functionality;Microarrays and Expression Analysis;Microarray Experiments;Microarray Experiments (con’t);Using Microarrays;Using Microarrays (cont’d);Microarray Data ;Microarray Data-REVISION- show in the matrix which genes are similar and which are not. ;Clustering of Microarray Data ;Clustering of Microarray Data (cont’d);Homogeneity and Separation Principles;Bad Clustering;Good Clustering;Clustering Techniques;Hierarchical Clustering;Hierarchical Clustering: Example;Hierarchical Clustering: Example;Hierarchical Clustering: Example;Hierarchical Clustering: Example;Hierarchical Clustering: Example;Hierarchical Clustering (cont’d);Hierarchical Clustering Algorithm;Hierarchical Clustering Algorithm;Hierarchical Clustering: Recomputing Distances;系统聚类例：微阵列数据;评估表达模式的相似性;数据标准化;求pearson相关系数;分析;数据标准化以后基因两两之间的相关系数;根据相关系数进行聚类（层次聚类法）;迭代过程;聚类图;主要内容;Squared Error Distortion（平方误差失真）;K-Means Clustering Problem: Formulation;1-Means Clustering Problem: an Easy Case;1-Means Clustering Problem: an Easy Case;K-Means Clustering: Lloyd Algorithm;x1;x1;x1;x1;Conservative K-Means Algorithm;K-Means “Greedy” Algorithm;K-均值算法例;K-均值算法例（续）;K-均值算法例（续）;K-均值算法例（续）;K-均值算法例（续）;