同源性检测矩阵法的建立及应用.doc

同源性检测矩阵法的建立及应用 吴 艳，朱 平 ( 江南大学 理学院，江苏 无锡 214122) 摘 要: 矩阵理论是一门在各个领域运用广泛的学科，将其运用于同源性的检测。首先从氨基酸的同义密码子 角度定义了一个反映两序列间同源性的公式，然后建立矩阵并在矩阵上定义运算来检测 S 的任一非空子集与 T 的任一非空子集的同源性，命名这种方法为矩阵法，在此基础上进行逐步搜索。通过选取 GenBank 中的具体序 列进行数值实验，与 MEGA 软件的分析结果对比，证明了矩阵法在逐步搜索过程中的科学性和合理性。 关键词: 同源性; 子集合; 矩阵法; MEGA 软件 中图分类号: O151． 21; O144 文献标志码: A 文章编号: 1001-3695( 2012) 02-0542-04 doi:10． 3969 / j． issn． 1001-3695． 2012． 02． 037 Establishment and application of matrix method to test homology WU Yan，ZHU Ping ( School of Science，Jiangnan University，Wuxi Jiangsu 214122，China) Abstract: Matrix theory is a subject which is used widely in many fields． This paper combined it with homology testing． First- ly，this paper defined a formula reflecting the homology between two sequences from the point of synonymous codon． Then，to test the homology of any one subset in S with the other one in T，established matrix and defined a kind of operation in it． This way was named matrix method，and conducted gradual search based on it． By using the specific sequences in GenBank to carry numerical value testing and comparing the result with MEGA software，it proves that the matrix method is scientific and reason- able． Key words: homology; subset; matrix method; MEGA software  0 引言 矩阵理论是一门研究矩阵在数学领域的应用科目，它具有 重要的理论意义和实用价值，在数学建模、数值分析、最优化方 法和一些工程学科方面，矩阵理论体现出了它强大的生命力［1］。 的方便。 对于如何在给定的序列集合中搜索出同源性最高的部分 这个问题，一方面，可以借助同源性分析软件，绘制进化树或计 算同源性程度，比较快地找到同源性最高的部分; 另一方面，近 年来，已经有许多科研工作者从数学理论的角度来分析同源 ［11］ 近几十年来，众多科研工作者针对矩阵理论的应用进行了广泛 性，Rocio 等人 ［12］ 用拓扑知识研究了有关同源性的问题，Niyogi 而深入的研究。例如，Schwaenena 等人［2］ 将矩阵理论运用到了 基因研究和临床诊断上; Nagaraju 等人［3］ 在研究寻找静态的点 对点网络的最短路径问题时，采用了邻接矩阵的方法; Kowaluk 等人［4］把生物信息学中有关寻找有向无环图中任意两顶点的共 同祖先问题和求解矩阵的最小二乘解结合在了一起。 同源性是英国动物学家、古生物学家理 Owen［5］提出的，它 在分析核苷酸和氨基酸序列［6］、依据不同的水平比较形态性 状、研究分子的性状方面扮演着很重要的角色［7］。当分析不 同物种不同序列片段的特性时，要解决在全基因组水平上考察 序列的问题，就需要在各物种的同源基因中选取序列，否则将 面临数据冗杂的困难。对于从目前现有的文献来看，在比对多 序列的同源性时，各种分子生物学应用软件占据了举足轻重的 作 用，例 如， Clustal W、MEGA［8］、DNAMAN、Vector NTI Suite［9］、NCBI 的 BLAST［10］窗口等。 运用这些软件，具有操作简便、使用快