结核分枝杆菌Rv1636蛋白的生物信息学分析-abc.PDF

结核分枝杆菌Rv1636蛋白的生 物信息学分析 汇报人： 崔保亮 17组成员：崔保亮 郭立平 王香玲 赵利明 汇报提纲 • 1.背景知识介绍 • 2.mRNA的分析 • 3.氨基端序列分析 • 4.蛋白质结构预测 • 5.参考文献 • 6.致谢 1.背景知识介绍 • 结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis) 是重要的全球性致病菌，由其引起的结核 病是世界上致死率最高的传染病之一。 • 结核分枝杆菌H37 Rv菌株是研究结核分枝杆 菌的标准菌株。 • 1998 年，H37 Rv菌株全基因组测序完成， 并发现了PE 和PPE 两大富含甘氨酸的蛋白 家族，推测其功能可能与结核分枝杆菌抗 原变异和干扰、抑制抗原递呈过程相关， 具有极为重要的免疫学意义。 • Rv1636基因所编码的Rv1636蛋白属于普通 应激蛋白A家族。 • 当结核杆菌处于应激条件下，该蛋白的表 达会加强，它会增加结核杆菌在恶劣条件 的存活几率，而且可能使结核杆菌具有 “应激耐受”活性。 • 本报告通过对Rv1636进行生物信息学和结 构的初步分析，以期能够对进一步深入研 究该蛋白的免疫学特性，开发更有效的基 于复合抗原的结核病免疫学诊断试剂，以 及新型疫苗和新型药物研究提供理论依据。 2.mRNA分析 在GeneBank中找到Rv1636的mRNA序列 用WebLab 中的cusp软件显示密码子使用偏好性 • #CdsCount: 1 #Coding GC 63.72% #1st letter GC 67.35% #2nd letter GC 42.86% #3rd letter GC 80.95% • #Codon AA Fraction Frequency Number • GCC A 0.583 95.238 14 • GAC D 0.833 68.027 10 ATC I 0.889 54.422 8 • AAG K 0.875 47.619 7 • CTG L 0.583 47.619 7 • GTC V 0.412 47.619 7 • GTG V 0.412 47.619 7 3.氨基酸序列分析 • 在Uniprot中找到Rv1636的氨基酸序列 用Protparam对氨基酸序列进行理化性质分析 ProtParam没有考虑蛋白质翻译后修饰、蛋白质多聚体等情况，故 用户在预测和分析此类特定蛋白质的基本理化性质时需要仔细审视 反馈结果。 氨基酸序列的二级结构 Tmap进行跨膜螺旋预测 TMHMM 预测跨膜螺旋 • 显示没有跨膜螺旋！ ExPASy进行亲水性分析 用dotmacher对氨基酸重复序列进行分析 在BLAST中进行不同物种分支杆菌同源性搜索， 之后在MEGA中进行序列比对 构建进化树 69 Mycobacterium intracellulare ATCC 13950