atrtprimer database for arabidopsis genome-wide homogeneous and specific rt-pcr primer-pairsatrtprimer数据库拟南芥全基因组均匀和特定的rt - pcr primer-pairs.pdfVIP

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2017-09-11 发布于上海
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BMC Bioinformatics BioMed Central Database Open Access AtRTPrimer: database for Arabidopsis genome-wide homogeneous and specific RT-PCR primer-pairs Sangjo Han and Dongsup Kim* Address: Department of BioSystems, Korea Advanced Institute of Science and Technology, 373-1 Guseong-dong, Yuseong-gu, Daejeon 305-701, Republic of Korea Email: Sangjo Han - Sangjo_Han@kaist.ac.kr; Dongsup Kim* - kds@kaist.ac.kr * Corresponding author Published: 30 March 2006 Received: 07 October 2005 Accepted: 30 March 2006 BMC Bioinformatics 2006, 7:179 doi:10.1186/1471-2105-7-179 This article is available from: /1471-2105/7/179 © 2006 Han and Kim; licensee BioMed Central Ltd. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited. Abstract Background: Primer design is a critical step in all types of RT-PCR methods to ensure specificity and efficiency of a target amplicon. However, most traditional primer design programs suggest primers on a single template of limited genetic complexity. To provide researchers with a sufficient number of pre-designed specific RT-PCR primer pairs for whole genes in Arabidopsis, we aimed to construct a genome-wide primer-pair database. Description: We considered the homogeneous physical and chemical properties of each primer (homogeneity) of a gene, non-specific b