猕猴桃EPIC标记开发及其在猕猴桃属植物系统发育分析-CiteSeerX.PDFVIP

园 艺 学 报 2013 ，40 （6 ）：1162 –1168 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 猕猴桃 EPIC 标记开发及其在猕猴桃属植物系 统发育分析中的应用 1,2 1 3,* 刘 磊 ，姚小洪 ，黄宏文 1 2 （ 中国科学院武汉植物园，中国科学院种质创新与特色农业重点实验室，武汉 430074 ； 中国科学院大学，北京 3 中国科学院华南植物园，中国科学院植物资源保护及可持续利用重点实验室，广州 510650 ） 100049； 摘 要：采用生物信息学方法通过比较 ESTs 数据和基因组数据开发了猕猴桃的双亲遗传单拷贝的 EPIC 标记以用于猕猴桃属植物系统发育研究。通过比较中华猕猴桃（Actinidia chinensis ）和美味猕猴桃 （A. deliciosa ）的ESTs 数据和葡萄（Vitis vinifera）基因组数据，以一致性 85%为标准共检测到 129 个 EPIC 标记，并从中设计 96 对引物。其中 21 对 EPIC 引物在中华猕猴桃和美味猕猴桃两个商业化栽培品种中呈 现稳定扩增，核酸多态性（Pi ）为0.003 ~ 0.069，变异位点为 0.7% ~ 14.8%，简约性信息位点为 0 ~ 9.4% 。 用其中的 EPIC-1 标记重建中华猕猴桃、美味猕猴桃、毛花猕猴桃（A. eriantha ）、绵毛猕猴桃（A. fulvicoma var. lanata ）和金花猕猴桃（A. chrysantha ）的系统发育关系，显示其跨种间扩增的实用性并获得分辨率较 高的系统发育树。本研究中开发的 EPIC 标记可以作为通用引物用于猕猴桃属植物系统发育分析。 关键词：猕猴桃属；EPIC 标记；跨种扩增；系统发育 中图分类号：S 663.4 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2013 ）06-1162-07 Development of EPIC Markers in Actinidia and Their Application for Phylogenetic Analysis of Genus Actinidia 1,2 1 3,* LIU Lei ，YAO Xiao-hong ，and HUANG Hong-wen 1 （Key Laboratory of Plant Germplasm Enhancement and Specialty Agriculture ，Wuhan Botanical Garden，Chinese 2 3 Academy of Sciences ，Wuhan 430074 ，China； University of Chinese Academy of Sciences，Beijing 100049，China；Key Laboratory of Biodiversity Conservation and Sustainable Utilization ，South China Botanical Garden ，Chine