HLAB无效等位基因B-5408N 核苷酸序列分析.docVIP

HLAB无效等位基因B*5408N 核苷酸序列分析 　 作者：吕沁风，朱发明，章伟，何俊俊，王炜，韩浙东，严力行 【摘要】 本研究探讨HLA 新的等位基因HLAB*5408N的分子基础。采用商用抽提试剂盒抽提样本DNA，利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLAB基因的第2-4外显子，对PCR扩增产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果表明：先证者样本测序得到两个等位基因，其中一个等位基因为HLAB*1527，另一个经blast验证其为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ295998, DQ295999, DQ296000）。与最接近的HLAB*5401等位基因序列相比，新的等位基因仅在第3外显子上有1个核苷酸不同，即第553位G→T，这导致第161位氨基酸Glu(GAG)→终止密码(TAG)，蛋白质的翻译提前终止。血清学方法未能检出HLAB54抗原。结论：该等位基因为HLAB无效表达等位基因，已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLAB*5408N。 【关键词】 等位基因 Identification and Sequence Analysis of A Null HLAB Allele HLAB*5408N Newly Detected Abstract The study was purposed to investigate the molecular genetic basis for HLA novel allele HLAB*5408N in Chinese population. DNA was extracted from whole blood by commercial DNA extraction kit, the HLAB exons 2-4 of the proband was amplified by allele specific primers PCR and the amplified product was sequenced for exons 2,3 and 4 bidirectionally. The sequencing results showed HLAB alleles of the proband as B*1527 and the novel allele. The sequences of the novel allele have been submitted to Genbank（DQ295998, DQ295999, DQ296000）. After blast analysis, the novel allele showed a single nucleotide mismatch with HLAB*5401 in exon 3 at position 553 G→T, which resulted in an amino acid changing from Glu to premature stop codon at position 161. No the HLAB54 antigen specificity expression in the proband cells was found using HLAAB serological Typing Trays. It is concluded that this allele is a novel null allele and has been officially named B*5408N by the WHO Nomenclature Committee. Key words HLAB；allele; sequencing 我们在造血干细胞捐献者样本中发现1例新的无效等位基因，被世界卫生组织（WHO）HLA命名委员会正式命名为HLAB*5408N。HLA系统具有高度遗传多态性，存在少量不表达抗原的等位基因（无效等位基因），它们在个体中存在有相应的基因序列，但其细胞上缺乏相应的抗原表达，这类等位基因的生物学作用仍需进一步研究［1-3］。现将HLAB*5408N核苷酸序列分析结果报告如下。 材料和方法 样本来源 先证者为女性，浙江籍汉族，为造血干细胞捐献者，在本实验室HLA常规分型中因HLAB位点出现罕见的反应格局而进一步确认。 样本DNA提取 采用PELFREEZ DNA抽提试剂盒（Dynal Biotech, Wisconsin,USA），严格按试剂说明书进行操作。 HLA分型 HLAA、 B、 DRB1基因分型采用PCRSSO方法（tepnel lifecodes,stam