人线粒体dna的信息结构陈建华.pdfVIP

遗 传 学报，14(4);307312,1987 ActaGenetica Sinica 人线粒体DNA 的信息结构 陈 建 华 （同济大学医学系，上海） 本文报道了运用FORTRAN-77语言，在 SIRIUS-1微机上计算遗传信息的冗余结构DI% Dz,D，的程序。计算出人线粒休 DNA (16569个核普酸残基）的H，二1.930554,H2二 3.849254,H,，5.760944,D, ‘0.069446,D,“0.011853,D，二0.0070110D,,DZ的 结果表明，人线粒体 DNA的信息结构远比脊推动物DNA的低级，这支持线粒体的共生起源 学说。并对 刀，的结果进行了分析，对其意义作了初步探讨。 关键词 人线粒体 DNA；遗传信息；计算程序；共生起源 从信息论的角度探讨生命的遗传信息，近年来有了长足的进步，已不仅仅是停留在信 息量的计算上了。Gatlin[4，关于DNA的冗余结构的工作揭示：冗余度不是一个标量，而 是具有一定结构的m十1维矢量。并计算了35种生物的 D；和 D2，得出了很有意义的 结果。Gatlin在计算 DI,D2时，采用了 JOSSe等5.1‘和 Swartz等6，〔的最邻近序列分析实 验数据。因用数据有限，所以结果也是有限的。另外，计算 Dm+1需要知道具。重记忆的 马尔柯夫信源的概率分布，因此，最邻近序列分析实验数据只能算出D，和D2，对于D3以 上的计算就无能为力了。随着核昔酸顺序分析工作的进展，DNA和 RNA顺序资料大 量积累，这就给直接从核营酸顺序分析遗传信息的冗余结构提供了可能性。用核营酸顺 序资料，原则上可以算出D3...D,+,。但计算的工作量相当大，当顺序很长时，很容易出 错，所以，靠人工计算几乎是不可能完成的，而随着计算机的普及，计‘算问题就容易解决 了。 我们应用FORTRAN-77’一语言自编一个计算D3的程序，通过 SIRIUS-1微机运 算，算出了人线粒体 DNA (16569个核昔酸残基[23）的 D,,D2,D。和 HI,H2,H3，并根 据计算结果，对线粒体的起源和进化地位作了初步探讨。 材 料 和 方 法 SIRIUS-1型 或（ VICTOR-9000型）微机的字长为16位，CPU 内存 (RAM）为 128KB，经扩充 RAM 可达256一896KBOA档机有2个5114时单面双密度软盘驱动 器 格（式化后每个软盘容量为620KB）,FORTRAN-77语言编译程序贮存在驱动器A 的软盘上，程序文件和数据文件生成在驱动器B的软盘上。由于采用了编译程序，所以程 序执行的效率比采用解释程序的BASIC语言高，处理人线粒体这样一个含有16569核 营酸残基的DNA顺序，大约只需1分钟左右的时间。 本文于1985年11月29日收到，1987年I月8日审毕，I月27日修回。 308 遗 传 学 报 14卷 一（）程序的数学模型 由文献LII知： 。 1 ,} ． 。 。 ， 。 、 ，1、 找 升 — LU1-t-uz-r- ’ ‘1 U rn+1夕 lad 10924 。二＋：二HMK-1，一HM(K)}， (K二i}p2,..m) (2)= 其中： 4 HmK(，一习Pi,，Pili2...Pi,-..i(rn+1)1)(92Pil...i、二＋1)5(K一p}1}...m) (3) rawl 从而算出：