- 1、本文档共10页,可阅读全部内容。
- 2、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
查看更多
广西巴马小型猪内源性反转录病毒进化年代分析-中国农业科学.PDF
中国农业科学 2015,48(4):778-787
Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.04.15
广西巴马小型猪内源性反转录病毒进化年代分析
饶桂波,钟雅婷,欧阳康,马 玲,黄红梅,吴健敏
(广西兽医研究所,南宁 530001 )
摘要:【目的】确定广西巴马小型猪内源性反转录病毒(PERV-BM)的进化年代。【方法】对先前扩增、测序
获得的 9 个 PERV-BM 的 LTRs,一个 PERV-BM 全长基因组序列,登录号为 HM159246 及 GenBank 上发表的所有背景
清楚的猪内源性反转录病毒(PERV)的LTRs及env序列进行分析。首先利用DAMBE软件对上述序列比对分析,合
并同源性较高的,筛选有差异代表性的核酸序列的数据集。然后利用 MEGA5.2 软件 Neighbor-Joining 方法计算
PERV-BM遗传进化关系。利用DAMBE软件对上述筛选的序列集进行替换饱和度计算,分析核酸进化速率的稳定性;
利用 MEGA5.2 软件,通过最大相似法对筛选数据制作的遗传进化树进行分子钟行为分析。最后对广西封闭群内的
广西巴马小型猪 3′-LTR 序列进行替代饱和度及分子钟分析,对符合分子钟行为的 LTRs 序列,以假设的恒定进化
速率计算PERV-BM的进化年代。【结果】经过DAMBE软件分析后,选出80多个GenBank上发表的有代表性的env、
LTRs序列数据集。对PERV-BM (HM159246) 序列全长遗传进化分析显示,PERV-BM与中国的PERV核酸序列EF133960
和 GU980187,荷兰的 AF356697 亲缘关系较近,与韩国的 HQ540595 和美国的 AF038600 和 NC_003059 亲缘关系则
较远。利用DAMBE软件对筛选数据集替换饱和度检测结果显示,S和V值随 PERV序列之间进化分歧的增加呈线性
的增加。LTRs 序列数据集替换饱和曲线呈线性关系,没有替换饱和现象发生,LTRs 的进化随时间持续且稳定。数
据集 env 序列替换饱和曲线不完全呈线性关系,表明 env 序列集进化速率不稳定。利用 MEGA5.2 的最大相似法对
LTRs和env数据集的进化树进行分子钟行为检测结果显示,LTRs序列集接受分子钟假说,env进化不符合分子钟
行为,这和不饱和度检测的结果一致。因此可用LTRs进化的近分子钟行为进行PERV进化年代的计算。利用DAMBE
软件对广西封闭群内的广西巴马小型猪 3′-LTR 序列进行替代饱和度及分子钟分析结果显示,3′-LTR 的进化符合
分子钟行为可用于进化年代计算。假设以灵长类 ERV 的积累突变率,每个核苷酸每年的替换率 2.3×10-9—5.0×
10-9 6 6
,计算PERV-BM约进化于3.3×10 —7.1×10 年前。【结论】PERV-BM进化年代与欧洲小型猪PERV进化时间7.6
6
×10年前相近。
关键词:广西巴马小型猪;猪内源性反转录病毒;进化年代
Analysis of Evolutionary Time of Porcine Endogenous
Retrovirus in Guangxi Bama Mini-pigs
RAO Gui-bo, ZHONG Ya-ting, OUYANG Kang, MA Ling, HUANG Hong-mei, WU Jian-min
(Guangxi Veterinary Research Institute, Nanning 530001)
Abstract: 【Objective 】The objective of this study is to determine the evolutionary
您可能关注的文档
- 广东移动东莞分公司2017广东移动东莞分公司校园招聘-千亿国际.DOC
- 广东风华高新科技股份有限公司独立董事第三次征集投票权-风华高科.PDF
- 广义多结构元素并行复台形态滤波器电子与信息学报.PDF
- 广告摄影以其信息传递的可视性-汕尾图书馆.PDF
- 广告牌-常州思泰姆教育科技有限公司.PPT
- 广州人事人才综合统计分析系统操作指引-法人单位V.PPT
- 广州发展实业控股集团股份有限公司2011年可持续发展报告2012.PDF
- 广州失业保险支持企业稳定岗位实施办法实用解答手册.DOC
- 广州粤嵌通信科技股份有限公司公开转让说明书-全国中小企业股份.PDF
- 广州花花都皮革机械都皮革厂量革机皮革机械出产企业寄望皮革潮水.DOC
文档评论(0)