DNA碱基质子化学位移受所在序列的五联体性质影响-南京师范大学.PDFVIP

生物物理学报 第二十三卷 第三期 二!! 七年六月 ACTABIOPHYSICASINICA Vol.23No.3 Jun.2007 DNA碱基质子化学位移受所在序列的五联体性质影响 余多慰, 袁 生, 金晓燕 （南京师范大学生命科学学院，江苏省分子医学技术重点实验室，南京 210097） 摘要 根据生物大分子核磁共振数据库 内 条单链 序列中的碱基特征质子的化学位移信 : (BMRB) 16 DNA 息 分析结果表明 五联体 pentaplet是到目前为止可以由实验数据证明的 决定中部碱基质子化学位移水平 , , ( ) 、 的基本单位 即 碱基质子的 化学位移受所在五联体序列的控制 以五联体中部是 碱基为例 来自 DNA NMR T , 。 , 化学位移的证据符合来自量子力学计算所得 嘧啶 嘌呤比 嘌呤 嘧啶的顺序更稳定 的论断 表现为 嘧 5 - 5 - ” 5 , “ 啶 嘌呤侧翼顺序导致的中部 碱基质子化学位移 比 嘌呤 嘧啶顺序 值小 对于中部碱基质子化学 - T , 5 - δ 0.089。 位移 侧翼二联体效应与 侧翼二联体效应明显不同 侧翼序列对五联体中部碱基质子化学位移的影响从大 5 3 5 , 。 到小 与 序列的色散力排列顺序更相关 氢谱上 的位移分布顺序 与从 5 。 AH8 AH2 GH8 TH6 CH6 , 、 、 、 、 , 头计算 abinitio 和 +HMO 二种伴氢碳原子净电荷计算结果最为接近 相关性好 与abinitio法得到的氢原 ( ) δ N , 。 子净电荷相关性不好 二翼碱基可以对五联体中心碱基的非交换质子在 8.5 的距离上产生影响 这是对NMR 。 ! , 偶极作用距离极限的突破 DNA的质子次级化学位移不是像蛋白质那样由氢键起主导作用 以上分析为建立双 。 。 链DNA碱基质子化学位移理论预测公式提供了依据。 关键词 质子 化学位移 五联体 :NMR; ; ; ;DNA 中图分类号:O482.53 [6] 0 引 言 Ven等 做了500个三联体 （triplet）和120个末端