表观遗传标记的识别与分析.pdf

表观遗传标记的识别与分析 张 岩 yanyou1225@ • Why are identical twins different ? • Why does diet change the way we…? • Why…? 一、 计算表观遗传学及DNA甲基化简介 1. 计算表观遗传学 2. DNA甲基化 3. CpG岛识别和预测方法 4. 差异甲基化区域/基因的识别 二、上机实践 1) Infinium HumanMethylation27 BeadChip 数据的处理和分析 2) 癌症相关表观遗传数据分析和特征识别 Computational epigenetics Bock C 2008.01 解决的3D 问题 Data mining Decipher Develop DNA甲基化及其改变 • DNA Methylation • Differentially methylated regions (DMRs) Differentially methylated region Consistently methylated region - Essential for mammalian genome function - Well studied (39800 publications) - Correlation with expression and histone modifications (but complex) - Correlation with disease/phenotypes - Need only DNA (good for large-scale human studies) - Can be assayed by various methods: (i) Restriction enzyme-based (ii) Affinity enrichment (iii) Bisulfite-based CpG岛识别和预测方法 • 哺乳基因组特点：在全基因组范围CpG二核苷酸是显著缺失 的，而在基因组的某些区域是富集的，称这些区域为CpG岛 CpG岛生物学特点？ CpG 岛区域中CpG二核苷酸低甲基化的，而在全基因组上CpG是高 甲基化的，它们往往位于基因启动子区域。 CpG岛生物学意义？ CpG岛可以作为基因重要的识别标志 CpG岛的甲基化在基因的表达，X染色体的失活，基因组的印迹发挥着重 要的作用。 启动子区域CpG岛的异常的甲基化和癌症细胞中抑癌基因的失活密切相关 现有计算方法识别CpG岛 CpGReport 基于GC含量，CpG 比率 阈值限定除去 和长度阈值 CpGIE 一些功能CpG岛 CpGIS CpGcluster 低的敏感性 基于CpG二核苷酸距离 保留了GC含量， CpGIF CpG 比率