副溶血性弧菌群中规律成簇间隔短回文重复序列的比较分析.PDFVIP

基因组学与应用生物学，2015 年，第34卷，第8期，第 1712-1722页 GenomicsandAppliedBiology,2015,Vol.34,No.8,1712-1722 研究报告 ResearchReport 副溶血性弧菌群中规律成簇间隔短回文重复序列的比较分析 1 1 1 1 2 1* 葛彩云 陆海霞 曲道峰 朱军莉 袁冬霞 冯立芳 1浙江工商大学食品与生物工程学院,杭州,310018;2 中国科学院水生生物研究所,武汉,430072 *通讯作者,fenglifang@ 摘 要 规律成簇间隔短回文重复序列(clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats,CRISPR)是大 多数细菌和古细菌在生存压力下进化出的一套抵抗噬菌体干扰的防御系统。本研究主要采用生物信息学的方 法，对24株分离自人体且已完成全基因组测序的副溶血性弧菌内CRISPR结构进行了分析，结果发现：只有 16株细菌包含1个及以上的CRISPR结构，共计29个CRISPR；仅11个具有真座位特征的CRISPR结构含有 前导序列；CRISPR 结构中的重复序列所形成的RNA 二级结构具有一大一小共两环或一大二小共三环的特 征；目前未找到与区间序列高度同源的外源遗传物质；仅含前导序列的CRISPR结构侧翼区才存在 基因。 cas 副溶血性弧菌的CRISPR 结构可能以水平基因转移的方式整合到细菌的染色体中，CRISPR结构不适合作为 细菌分类的一项指标。 关键词 规律成簇间隔短回文重复序列,副溶血性弧菌,前导序列,重复序列, 区间序列 ComparativeAnalysisofClusteredRegularlyInterspacedShortPalindromic Repeats(CRISPR)intheGenomesof Vibrioparahaemolyticus Group 1 1 1 1 2 1* GeCaiyun LuHaixia QuDaofeng ZhuJunli YuanDongxia FengLifang 1SchoolofFoodScienceandBiotechnology,ZhejiangGongshangUniversity,Hangzhou,310018;2InstituteofHydrobiology,ChineseAcademyof Sciences,Wuhan,430072 *Correspondingauthor,fenglifang@ DOI:10.13417/j.gab.034.001712 Abstract Clusteredregularlyinterspacedshortpalindromic repeats(CRISPR),evolvedunderthepressureof survivalinmanybacteriaandarchaea,aresetsofdefendingsystemagainstphageinterference.Inthisstudy,the CRISPRstructurewasanalyzedin24 Vibroparahaemolyticus strainswithwholegenomesequencesbasedonsome bioinformatic methods.Only16strainscontainoneormoreCRISPRstructures, andfinally29CRISPRswere identifiedwiththisstructure.Moreover,11CRISPRswithreallocistructurecontainleadersequencesamongthem. RNAsecondarystructureformedbyrepeatsequencesofCRISPRhasafeaturewithtworingsofonelargeandone small,orwiththreeringsofonelargeandtwosmall.Whereas,noexogenoussequenc