基于cuda的wu-manber多模式匹配算法-计算机系统应用.pdfVIP

2012 年 第 2 1 卷 第 3 期 计 算 机 系 统 应 用 ① 基于CUDA 的Wu-Manber 多模式匹配算法 马 计，王国平，杨 明 (复旦大学 计算机科学技术学院，上海 200433) 摘 要：多模式匹配是计算机科学中最基本的问题，其应用在许多领域，在一些情形下也是比较耗时的。GPU 拥有比 CPU 更强的并行计算能力，随着 CUDA 架构的推出，GPU 用于通用计算领域的并行编程工作变得更加 轻松。实现了基于 CUDA 架构的 Wu-Manber 多模式匹配算法，实验结果表明，相比传统串行算法而言，本文的 实现获得了 10 倍以上的加速。 关键词：多模式匹配；GPU ；CUDA ；Wu-Manber Wu-Manber Multi-pattern Matching Algorithm Based on CUDA MA Ji, WANG Guo-Ping, YANG Ming (School of Computer Science, Fudan University, Shanghai 200433, China) Abstract: Multi-pattern matching is a basic problem in computer science and used in many fields, in some cases, also the most time-consuming. GPU has more parallel computing capabilities than the CPU. With the introduction of CUDA, GPU computing for general purpose parallel programming becomes easier. This paper proposes Wu-Manber multi-pattern matching algorithm based on the CUDA, and evaluating the implementations we have achieved speedups up to 10 faster than the sequential implementations. Key words: multi-pattern matching; GPU; CUDA; Wu-Manber 1 引言 基于 GPU 的AC 多模式的NIDS 算法，比传统的NIDS 多模式字符串匹配问题是计算机信息处理的最基 快了两倍。文献[3]实现了基于 GPU 的BNDM 多模式 本问题。它在信息检索，模式识别，病毒检测等领域 网页匹配的程序，并取得了 13 倍以上的加速。本文实 具有广泛应用。在当今信息资源丰富，信息流动频繁 现了基于 CUDA 的Wu-Manber[4]算法并予以优化。 的时代，传统的基于 CPU 的串行模式匹配算法存在速 本文余下的部分组织如下：第 2 节介绍了 CUDA 度慢，效率低等缺点。因此，研究并设计更加快速的 的编程模型以及 Wu-Manber 算法，第 3 节是关于 模式匹配并行算法具有重要的理论价值和实际意义。 Wu-Manber 算法在 CUDA 下的实现与优化，第 4 节是 近年来，GPU 得到了迅速的发展，GPU 已经不再 实验结果与分析，最后是结束语。 局限于图形处理领域，在通用计算方面也逐渐崭露头 角，其已经应用在图形动画、科学计算、生物、物理 2 相关技术介绍 模拟等领域。事实也证明在浮点运算、并行计算等部 2.1 CUDA 编程模型 分计算方面，GPU 可以提供数十倍乃至于上百倍于 CUDA(Compute Unified Device Architec