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论 文 第49 卷 第 19 期 2004 年 10 月 人视网膜发育相关基因表达谱分析 王 丰 李惠明 刘文文 徐 萍 胡庚熙 陈一东 贾立斌 黄 倩 * ( 上海交通大学附属第一人民医院中心实验室, 上海 200080; 中国科学院上海生命科学院生物化学与细胞生物学研究所, 上海 200031; National Human Genome Research Institute, NIH, Bethesda, MD 20892, USA; National Cancer Institute, NIH, Bethesda, MD 20892, USA. * 联系人, E-mail: huangq@) 摘要 视网膜是视觉的基础, 结构十分精细复杂, 视网膜的功能完全依赖于视网膜的结构. 鉴于目前人 们对视网膜发生的调控基因和机理了解很少, 利用含16361 个基因的芯片分别检测了12~16 周 22~26 周胎儿及20~40 岁成人视网膜中基因的表达水平, 发现 814 个基因在 1 或2 个时间点表达水平相差3 倍以上, 其中表达强度值在1 个以上的时间点超过 100 的差异表达基因共106 个, 依次是发育 分化 信号传导 蛋白质合成翻译 代谢 DNA 合成修复重组等相关基因. 基因表达模式和聚类分析揭示随 视网膜发育成熟呈下调趋势的基因最多, 而呈上调趋势的基因较少. 在上述 106 个差异表达基因中, 有 46 个目前在美国国立卫生院(NIH)眼科研究所(NEI) 的视网膜cDNA 或EST 数据库中尚找不到, 它们在 视网膜中的作用和功能也不清楚. 为了进一步确定基因芯片结果的可靠性, 采用荧光定量 RT-PCR 和 常规RT-PCR 检测分析了上述46 个差异表达基因及另外6 个已知的视网膜特异表达基因的表达量, 其 中27 个基因的表达谱与芯片检测结果完全一致. 另外, 还采用原位杂交技术检测了NNAT 基因在视网 膜内的表达量及表达产物的细胞和亚细胞分布. 此外, 对 106 个差异表达基因的染色体定位进行检索 揭示, 其中 1 个基因位于已知的视网膜锥体或锥-杆体营养不良基因位点处, 并与该病的发病有关. 此 结果为阐明视网膜发育的调控机理 为视网膜疾病候选基因的确定提供了实验证据. 关键词 视网膜 发育 基因表达 基因调控基因芯片 基因表达谱 [2~ 6] 视网膜在视觉信号的感受 加工处理和传导过 少. 本研究利用基因芯片技术 和荧光定量PCR 技 程中起重要作用, 视网膜的功能完全依赖于视网膜 术检测分析不同发育时期的胎儿及成人神经视网膜 的结构. 在胚胎发生第3~4 周时, 神经外胚层向外突 的基因表达谱, 揭示了一组在转录水平与人视网膜 出形成视泡, 第 4~6 周时外生的视泡接触表面外胚 发育密切相关的基因, 为阐明人视网膜发育的调控 层后开始内陷形成视杯. 视杯的外壁将发育形成视 机理提供了新的实验证据. 网膜色素上皮(retinal pigment epithelium, RPE), RPE 1 材料与方法 细胞生长缓慢, 在第6~8 周时便开始合成色素, 且终 ( ) 胎儿及成人视网膜光镜及电子显微镜观察. 身保持单层结构. 视杯的内壁则发育形成神经视网 光镜观察标本采用 10 中性甲醛固定, 石蜡包埋, 膜, 神经视网膜细胞大量增殖 迁移并分化形成 6 常规切片后 HE 染色; 电子显微镜标本采用2 戊二 种神经