第三单元：林木多地点半同胞子代测定遗传分析R语言程序包.pdfVIP

网络出版时间：2015-05-07 16:17 网络出版地址：/kcms/detail/32.1161.S1617.013.html 第39 卷 南京林业大学学报（自然科学版） Vol.39, 2015 年 Journal of Nanjing Forestry University (Natural Sciences Edition) 2015 林木多地点半同胞子代测定遗传分析R 语言程序包及其应用 王德源，童春发* （南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室，江苏南京 210037） 摘 要：子代测定是林木育种中的关键环节，但是有关子代测定的遗传参数和统计量计算还存在不少问题，针对林木多地点 半同胞子代测定遗传模型，编写了用于计算多种遗传参数的R 语言程序包HalfsibMS ，可以对多地点或单地点的半同胞子代 测定遗传统计模型进行分析计算，并且可以处理平衡数据或不平衡数据。该程序包首先采用固定效应模型，计算亲本配合力 及其他固定效应，然后再用随机效应模型，计算遗传方差和协方差进而估算遗传力，并计算每一个参数估计的标准误和显著 性检验统计量。最后，对于多个数量性状，给出了它们在家系效应、地点与家系互作效应及区组与家系互作效应水平上的遗 传相关系数及其标准误。该程序包可在网站/tong/halfsibms/halfsibms.html 上自由下载使用。 关键词：R 语言程序包HalfsibMS ；半同胞子代测定；配合力；方差分量；遗传力 中文图分类号：S722.3 ；Q348 文献标识码：A HalfsibMS: An R package for genetic analysis of half-sib progeny test at multiple sites in forest trees * WANG Deyuan, TONG Chunfa (Key Laboratory of Forest Genetic Biotechnology of Ministry of Education, Nanjing Forestry University, Nanjing 210037, China) Abstract: A progeny test plays an important role in forest breeding programs, but there still exist some problems in half-sib progeny test in calculating the estimates of genetic parameters and some statistics, especially when the experimental data are unbalanced. HalfsibMS is a new R-based package developed for calculating genetic parameters with balanced or unbalanced data in half -sib prog