序列分析的原理和方法+结构的预测+全序列分析和进化分析.ppt

五，三级结构视化 RasMol 操作步骤 1.下载序列 国际核酸序列数据库? ?? Protein3DStruct √ Key words (HCV NS5B protein) PDB Save 操作步骤 1.下载序列 2.输入序列 第五章 全序列对齐和分子进化分析 TreeView. exe TreeView. exe 全序列对齐 分子进化分析 产生进化树 1，序列要整理成Fasta格式 2，依次输入序列到分子进化分析软件 3，Do complete alignment 4，Draw tree CLUSTAL X (1.8) multiple sequence alignment TreeView C A B E F D A C B E D F 下面几周答疑 10月30日（星期4）下午6点 11月6日 （星期4）下午6点 11月13日（星期4）下午6点 主要解决同学们在做实验时遇到的问题 地点 1教233 11月20日（星期4）下午5:30， 在本教室继续上课 File menu---------New sequence Title Comment Sequence CSFV 3UTR single positive-strand RNA Format Fold RNA Enter Sequence GCATGGTTGGC CCTTGATCGG GCCCTATCAG TAGAACCCTA TTGTAAATAA 12120 CATTAACTTA TTAATTATTT AGATACTATT ATTTATTTAT TTATTTATTT ATTGAATGAG 12180 CAAGTACTGG TACAAACTAC CTCATGTTAC CACACTACAC TCATTTTAAC AGCACTTTAG 12240 CTGGAGGGAA AACCCTGACG TCCACAGTTG GACTAAGGTA ATTTCCTAAC GGCCCCC 预测的步骤 转化序列 输入序列 整理序列 Title Comment Sequence CSFV 3UTR single positive-strand RNA Format Fold RNA Enter Sequence GCATGGTTGGC CCTTGATCGG GCCCTATCAG TAGAACCCTA TTGTAAATAA 12120 CATTAACTTA TTAATTATTT AGATACTATT ATTTATTTAT TTATTTATTT ATTGAATGAG 12180 CAAGTACTGG TACAAACTAC CTCATGTTAC CACACTACAC TCATTTTAAC AGCACTTTAG 12240 CTGGAGGGAA AACCCTGACG TCCACAGTTG GACTAAGGTA ATTTCCTAAC GGCCCCC GCATGGTTGG CCCTTGATCG GGCCCTATCA GTAGAACCCT ATTGTAAATA ACATTAACTT ATTAATTATT TAGATACTAT TATTTATTTA TTTATTTATT TATTGAATGA GCAAGTACTG GTACAAACTA CCTCATGTTA CCACACTACA CTCATTTTAA CAGCACTTTA GCTGGAGGGA AAACCCTGAC GTCCACAGTT GGACTAAGGT AATTTCCTAA CGGCCCCC 预测的步骤 转化序列 输入序列 整理序列 保存序列 Title Comment Sequence CSFV 3UTR single positive-strand RNA Format Fold RNA Enter Sequence GCATGGTTGGC CCTTGATCGG GCCCTATCAG TAGAACCCTA TTGTAAATAA 12120 CATTAACTTA TTAATTATTT AGATACTATT ATTTATTTAT TTATTTATTT ATTGAATGAG 12180 CAAGTACTGG TACAAACTAC CTCATGTTAC CACACTACAC TCATTTTAAC AGCACTTTAG 12240 CTGGAGGGAA AACCCTGACG TCCACAGTTG GACTAAGGTA ATTTCCTAAC GGCCCCC GCATGGTTGG CCCTTGATCG GGCCCTATCA GTAGAACCCT AT