bioindex一种生物序列相似性查询的高效索引 bioindexan efficient index for similarity queries of biological sequences.pdfVIP

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2017-11-02 发布于上海
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bioindex一种生物序列相似性查询的高效索引 bioindexan efficient index for similarity queries of biological sequences

第26卷第10期计算机应用与软件 V01．26No．10 2009年10月 andSoftware Oct．2009 ComputerApplications BioIndex：一种生物序列相似性查询的高效索引邱伯仁熊赘朱扬勇 (复旦大学计算机与信息技术系上海200433) 摘要有效管理生物数据并提供高效的查询方法是生物信息处理的重要研究内容。BioSeg是一个新的生物序列数据模型。查询优化研究是生物数据库管理系统开发的重要内容之一。研究当前生物数据索引技术，针对BioSeg数据模型的特点和生物序列相 EMforMoeifElicit．似性查询需求设计了一种新的生物序列数据索引Biolndex，并设计相应的查询算法。首先，使用MEME(Multiple ation)算法挖掘生物序列集中的序列模式作为索引建立索引序列库；之后，在索引序列库中查找与查询序列最相似的索引序列，将其对应的序列集作为候选集；再在候选集中查找与查询序列最相似的序列。在真实生物序列数据集上的实验表明使用新的生物序列数据索引Biolndex的序列查询算法提高了序列查询的效率。关键词索引生物序列生物数据库数据模型查询优化 EFFICIENTINDEXFORSIMILARITYOF BIOINDEX：AN QUERIES SEQUENCES Boren YunZhu Qiu Xiong Yangyong and (Departmem矿ComputingInformationTechnology，Fudan 200433，China) University，Shanghai Abstract data and efficient methodsarethe researchesin information Managingbiologicaleffectivelyprovidingquery important biological isanovel datamodel．Theof isan ofthe database biological processing．BioSeg sequence studyqueryoptimizationimportantpart biological current studiesthe dataindex useofthefeaturesof data managementsystemdevelopment．Thispaper biological technology．Making BioSeg this it anovelindexof meetthedemandof model，in data，Biolndex，to