分子动力学模拟中基于gpu的范德华非键作用计算 van der waals force calculation for molecular dynamic simulation implemented on gpu.pdfVIP

第27卷第12期 计算机与应用化学 V01．27，No．12 2010年12月28只 and ComputersAppliedChemistry December，2010 分子动力学模拟中基于GPU的范德华非键作用计算 刘文志1,2李晓霞2，余翔1，一，杨小震37郭力2 (1．中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室，北京，100190； 2．中国科学院研究生院，北京，100049： 3．中国科学院化学研究所高分子物理和化学国家重点实验室，北京，100190) 摘要：GPU最初是专为图形渲染而设计的．近年来已经演化为高并行度、多线程、具有强大计算能力和极高存储器带宽的通 用多核处理器，目前主流GPU的峰值计算能力通常可达CPU的数10倍。这提供了1种解决大计算鼍难题的新的町能。分子 动力学模拟需要极强的计算能力。故使用GPU来进行分子动力学模拟的尝试是很自然的选择。本文基于NVIDIA的GeFofce GTX295 GPU和CUDA2．3开发环境实现了范德华力计算、范德华势能计算和基于网格的邻居搜索。在邻居搜索算法实现中， 对于不同计算能力的GPU给出了．不同的实现策略。对36万粒子规模的高分子聚乙烯体系算例的测试表明：1个时『日J步的计 XeonE 算结果与计算性能突出的分子动力学软件GROMACS相应的计算结果一致(运行在工作站Intel5405上)，相对于CPU 单核计算性能有大幅提高，其中邻居搜索加速了17倍．范德华力计算加速了47倍；并且解决了邻居搜索时的边界问题。虽 然本文是针对范德华力的计算，但是策略是通用的，其他方向的研究人员也可以参考。测试结果表明，使用GPU来加速较大 规模计算量的计算是可取的。 关键词：分子动力学；GPU：nvidia．CUDA；GROMACS；邻居搜索：范德华力。 中图分类号：TQ015．9：TP391．9；06-39文献标识码：A 文章编号：1001--4160(2010)12．1607．1612 1 引言 计算能力，因此使用GPU来进行分子动力学模拟计算 的尝试是1个很自然的选择。分子动力学模拟使用牛顿 近年来，CPU的频率提升已接近其物理极限，摩尔 定理来模拟粒子的运动，通常包括计算各粒子受力，更 定理已经不再有效。目前CPU性能的提升主要得益于制 新粒子位置、速度等。 造工艺的改进，但是随着晶体管的尺寸越来越接近分子 GRoMACS是著名的通用分子动力学模拟软件之 尺寸，能耗越来越大，发热问题也越来越严重，性能提 一，由于经过了充分的优化，其性能可达同类软件的 升越来越小。如从45nnl的至强5500到32nm的至强5600。 3～10倍。早在2002年，Eric 性能提升不到60％。另1种提高CPU性能的技术就是多 目 核，理论上这应该能够成倍的增强性能，但是CPU是专 门为串行执行设计的，而且传统的在CPU上运行的软件 基本上都是设计成串行的，这2个原因使得CPU的并行 GPU部分代码是 Folding@