我们能用生物＋计算机做什么.DOCVIP

我们能用“生物＋计算机” 做什么 王文翰 （桂林电子科技大学 机电与交通工程系） 摘要：计算机科学和生物科学之间的交叉和融合主要表现在两个方面：一是以计算机作为工具，对生物学进行辅助研究，现在已经发展成了一门新型的学科——生物信息学；二是以生物材料为介质对计算机信息进行存储和处理，即大家所说的生物计算机技术。本文就这两个方面分别进行了阐述。 关键词：生物；计算机；生物信息学；生物计算机 What Could We “Cook” With Biology ＋ Computer Wenhan Wang Department of Electronic Machinery and Transportation Engineering Guilin University of Electronic Technology） Abstract: The cross and overlap of Computer science and Biology always appear in two ways. One is that computers are used as tools to study the biologic problems. Now, it is become a new subject － Bioinformatics; The other way is that biologic materials are used to management and storage computer data. It is always called Bio-computer. This article will detail these two aspects. Key words: biology；computer；bioinformatics；Bio-computer 前言 据统计，2002－2003年SARS在全球造成了高达400亿美元的经济损失，2003年末以来的禽流感更是可能造成2,969亿美元的损失，更不用说在这两场疫情中失去的许多宝贵的生命了。许多科学家预言，21世纪将是生物科学的世纪，而SARS和禽流感更是用惨痛的事实告诉人们对生物科学研究的重要性。也有人说二十一世纪是计算机的世纪，计算机科学长期高速的发展也早就向人们展示了其蓬勃的活力。然而计算机科学（Computer Science）和生物科学（Biology）并非两门独立的学科，它们和许多学科都有着交叉和融和，当然也包括它们之间的交叉和融和。计算机科学和生物科学之间的交叉和融和主要表现在两个方面：一是以计算机作为工具，对生物学进行辅助研究，现在已经发展成了一个新型的学科——生物信息学（Bioinformatics）；二是以生物材料为介质对计算机信息进行存储和处理，即大家所说的生物计算机技术。接下来本文将就这两个方面分别进行阐述。 生物信息学 2.1 生物信息学出现的背景 2003年4 月14日，经过美、英、日、法和中国科学家的艰苦努力, 被誉为生命“阿波罗计划”的人类基因组计划所有目标全部实现2004年10月，人类基因组完成图公布,研究基因功能680,338对（606个序列）,截至2006年2月已经达到了63,183,065,091对（12,465,546个序列）。如图1所示，大约每14个月就会增长一倍；欧洲蛋白质数据库PDB中蛋白质结构的数量截至2006年3月也已经达到了35701个（如图2所示）。面对如此巨大而复杂的数据，可以说不用计算机进行管理数据、控制误差、加速分析过程、提取有关基因组与蛋白质功能的信息已不太可能。虽然在不太久之前，这些信息的分析整理工作只有不情愿的研究生去做，因为他们对摆弄试管比敲击键盘更有兴趣，而现在世界上许多大学都成立了专门的研究机构或者研究小组，甚至一些大学还开设了生物信息学的研究专业。这一由生物、数学、物理、化学、计算机科学、信息科学等多学科交叉产生的新兴学科蓬勃发展，并日渐成为21世纪自然科学的核心领域。 图1：1982－2005年GenBank数据库DNA碱基对和序列数据的增长图。图中，黑色部分指示出了DNA碱基对的增长状况，浅灰色线条指示出了序列的增长状况。 2.2 生物信息学的定义与发展 生物信息学以核酸、蛋白质等生物大分子数据库为主要对象，以数学、信息学、计算机科学为主要手段，以计算机硬件、软件和计算机网络为主要工具，对浩如烟海的原始数据进行存储、管理、注释、加工，使之成为具有明确生物意义的生物信息。并通过对生物信息的查询、搜索、比较、分析，从中获取基因编码、基因调控、核酸和蛋白质结构功能及其相互关系等理性知识。在大量信息和知识的基础上，探索生命起源、生物进化以及细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰亡等生命科学