千人基因组视角下的人类起源演化.PDFVIP

2015 年 第 60 卷 第 12 期： 1057 ~ 1065 《中国科学》杂志社 专题: 2014年度国家自然科学奖 评 述 SCIENCE CHINA PRESS 千人基因组视角下的人类起源演化 程耀霆, 李玉春, 孔庆鹏* 中国科学院昆明动物研究所, 遗传资源与进化国家重点实验室, 昆明 650223 * 联系人, E-mail: kongqp@ 2014-11-20 收稿, 2015-01-27 接受, 2015-03-11 网络版发表 国家自然科学基金资助 摘要 千人基因组工程作为大规模基因组测序时代的一个里程碑计划, 与此前的人类基因 关键词 组计划和人类基因组单体型图谱计划一起成为推动人类遗传学研究发展的重大公共科学事 千人基因组计划 件. 利用该计划所产生的人类群体全基因组测序数据, 研究人员可以从一个前所未有的深度 人类遗传 探寻人类遗传多样性与人类起源、演化、疾病之间的关系. 本文从千人基因组计划发展的历 起源演化 基因组测序 史轨迹以及利用这一大规模数据集所开展的人类遗传学研究成果等方面入手, 对大数据时 大数据 代背景下人类遗传演化研究的特点进行了梳理和总结, 并对未来基于如千人基因组这类大 规模人类遗传数据工程的工作做了展望. 人类的起源、演化和疾病一直是遗传学研究关注 组计划(human genome project, HGP)宣布完成了人类 的焦点. 早期, 受技术水平的限制, 针对人类遗传多 基因组全图的绘制, 这项20世纪80年代开始实施的 样性的研究往往十分粗糙. 此后, 随着遗传学技术的 庞大计划, 使人们首次能够系统完整地研究人类基 不断发展, 越来越多先进的分子技术被应用于遗传 因组的结构和特点, 同时也为以后的遗传学研究提 学检测, 从单个位点检测, 到Y染色体、线粒体DNA 供了一个核心蓝图, 而该计划的成功完成也从一定 分型检测, 再到后来的基因组芯片技术, 研究人员所 程度上推动了后续一系列大型遗传学研究工程的开 掌握的遗传数据信息量越来越大. 这些数据的不断 展. 随着基因芯片技术的发展以及全基因组关联研 积累给人类进化遗传与疾病遗传研究提供了前所未 究(genome-wide association study, GWAS) 的不断深 有的重大机遇. 然而, 这些进展同时也让人们意识 入, 大量遗传数据得以积累. 2002年, 由美、加、中、 到, 对人类基因组全序列的测定以及人类群体遗传 日、英、尼日利亚等国科学家共同提出并发起了“ 国 多态性分布图谱的绘制是所有后续深入研究的前提 际人类基因组单体型图谱计划”(International Hap- 基础. 但是考虑到实际条件, 无论是样本收集还是数 Map Project)[1], 该项计划与更先一步启动的人类基 据产生与分析都是某一实验室甚至某个国家无法单 因组多样性计划(human genome diversity project, 独完成的, 而全球化进程给这种大规模遗传工程提 HGDP)[2]一起为研究人员提供了覆盖全球范围人类 供了一个千载难逢的国际合作机遇. 在该背景下, 不 群体的基因组群体遗传数据, 从而将HGP工作推向 同国家的研究人员根据不同时期遗传学检测手段的 深入化, 这些工作通过对涵盖欧、亚、非、北美、南 发展状况以及自身需求联合开展了一系列大型人类 美等地区人群的样本进行全基因组遗传分析,