商城肥鲵二碱基重复和四碱基重复微卫星dna的结构特征及对筛选.pdfVIP

生物多样性 2012, 20 (1): 51–58 Doi: 10.3724/SP.J.1003.2012.08168 Biodiversity Science http: // 商城肥鲵二碱基重复和四碱基重复微卫星DNA 的结构特征及对筛选效率的影响 1 1* 1 1 1 1 2 王 慧 张保卫 史文博 骆 侠 周立志 韩德民 常 青 1 (安徽大学生命科学学院, 合肥 230039) 2 (南京师范大学生命科学学院, 南京 210046) 摘要: 两栖类有尾目物种的微卫星分离中的筛选成功率常常较低。为探索微卫星结构对筛选效率的影响, 本研究 通过AFLP快速分离法(fast isolation by AFLP of sequences containing repeats, FIASCO)对商城肥鲵(Pachyhynobius shangchengensis)二碱基重复类型和四碱基重复类型微卫星进行分离, 并对微卫星序列进行了分析。研究中发现二 碱基微卫星位点多以微卫星DNA家族形式存在, 并因此导致了微卫星位点分离较低的筛选率; 在四碱基重复的微 卫星位点中未发现微卫星DNA家族的存在。对研究中得到的3个微卫星DNA家族的分析发现, 同一家族的上、下 游侧翼序列变异程度存在差异; 毗邻微卫星重复单元区的侧翼序列碱基变异程度较高, 而较远处的区段则相对保 守。这些结构特征可能反映出微卫星DNA家族在演化中的复杂性。本文的研究结果提示在两栖动物的一些类群中, 微卫星的筛选必须考虑微卫星DNA家族的影响, 选取适宜的碱基重复类型将是决定筛选效率的关键。 关键词: 微卫星结构, 微卫星DNA家族, Pachyhynobius shangchengensis, 筛选效率 Structural characteristics of di-nucleotide/tetra-nucleotide repeat mi- crosatellite DNA in Pachyhynobius shangchengensis genomes and its ef- fect on isolation 1 1* 1 1 1 1 2 Hui Wang , Baowei Zhang , Wenbo Shi , Xia Luo , Lizhi Zhou , Demin Han , Qing Chang 1 School of Life Sciences, Anhui University, Hefei 230039 2 School of Life Sciences, Nanjing Normal University, Nanjing 210046 Abstract: A low success ratio is often encountered in the microsatellite isolation from the species of Caudata. In the present study, di-nucl