四照花亚属的nrdnaits致同进化不完全-热带亚热带植物学报-华南.pdfVIP

热带亚热带植物学报　2013 ，2 1(1) ：29~37 Journal of Tropical and Subtropical Botany 四照花亚属的 nrDNA ITS 致同进化不完全 1 2 1* 胡兆锋, 向秋云, 黄宏文 (1. 中国科学院华南植物园，中国科学院植物资源保护与可持续利用重点实验室， 广州 510650； 2. 北卡罗来纳州立大学植物生物学系， NC27695, USA) 摘要： 四照花亚属(Cornus subg. Syncarpea)隶属于山茱萸科 山茱萸属(Cornus) ，我 国该亚属共有 5 种 8 亚种 。为探讨 四照花亚 属 nrDNA ITS 序列 的致 同进化不完全现象及假基 因产生 的可能原 因，分析 了该亚属 4 种(每种 1 ~ 2 个居群)共 2 1 个个体 的 nrDNA ITS 序列 。结果表 明，这些类群 的 nrDNA ITS 存在多态性 ，通过分析这些 nrDNA ITS 克隆序列 的 G + C 含量 、5.8S 保 守基序和二级结构最小 自由能 ，推测其可能存在假基 因。系统发育研究结果显示所有 nrDNA ITS 序列分成 5 个分支 ，同一个 体 的不 同拷贝被分别置于两个甚至多个分支 中，且不 同分支显示 了不 同种间关系。四照花亚属物种个体 内部存在 nrDNA ITS 不完全致 同进化 ，可能归咎于不完全的世系分选(incomplete lineage sorting) 、种间杂交或多倍化等进化事件 ，从而导致基 因组 内 nrITS 区序列出现多态性 ，同时也导致难 以通过外部形态来划分亚属 内种间界限。 关键词： 四照花亚属 ；nrDNA ITS ；致 同进化不完全进化 ；假基 因 doi: 10.3969/j .issn.1005–3395.2013.01.004 Incomplete Concerted Evolution of nrDNA ITS in Cornus subg. Syncarpea (Cornaceae) 1 2 1* HU Zhao-feng , XIANG Qiu-yun (Jenny) , HUANG Hong-wen (1. Key Laboratory of Plant Resources Conservation and Sustainable Utilization, South China Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences , Guangzhou 510650, China; 2. Department of Plant Biology, North Carolina State University, Raleigh, NC 27695, USA) Abstract: The subgenus Syncarpea, which belongs to genus of Cornus (Cornaceae), includes five species and eight subspecies in China. nrDNA ITS sequences of 21 individuals from 4 species, with 1 to 2 populations for each species, in the subgenus were amplified and used to test the existence of incomplete concerted evolution and pseudogenes. Intra-genomic polymorphism was detected in the internal transcribed spacer (including ITS1, 5.8S and ITS2) regions of these species. The analyses of G + C content, 5.8S conserved motifs and minimum free energy of 5.8S secondary structures suggested that there were putative pseudogenes of nrDNA in these species. Phylo