基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联-水生生物学报.pdfVIP

第 41 卷 第 4 期 水 生 生 物 学 报 Vol. 41, No. 4 2 0 1 7 年 7 月 ACTA HYDROBIOLOGICA SINICA J u l . , 2 0 1 7 doi: 10.7541/2017.91 基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联分析 陈小明 李佳凯 王志勇 蔡明夷 韩 芳 刘贤德 (集美大学水产学院, 农业部东海海水健康养殖重点实验室, 厦门 361021) 摘要: 利用Illumina HiSeqTM 2500测序平台, 对通过高温胁迫实验筛选得到的20尾耐高温和20尾不耐高温的大 黄鱼(Larimichthys crocea)进行了简化基因组测序(SLAF-seq), 每个样本的平均测序深度达到10.26×, 共获得 419211个高质量的群体单核苷酸多态性(SNP)位点 。利用TASSEL软件的混合线性模型(MLM)进行全基因组 关联分析(GWAS), 共筛选到38个与大黄鱼耐高温性状显著相关的SNP位点(P2.39E–08) 。利用BLAST程序 定位每个SNP位点在大黄鱼基因组中的位置, 并分析其周围的功能基因。结果在38个SNPs附近共找到26个已 知的功能基因, 这些基因主要与细胞转录、代谢、免疫等功能相关。研究结果可为下一步大黄鱼耐高温分子 机制解析及耐高温品种的选育提供参考。 关键词: 大黄鱼; 高温胁迫; 简化基因组测序; 单核苷酸多态性; 全基因组关联分析 + 中图分类号: Q344 .1 文献标识码: A 文章编号: 1000-3207(2017)04-0735-06 大黄鱼(Larimichthys crocea)是我国重要的海 (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 因其分布 洋经济鱼类, 在自然海区分布于30—60 m水深, 适 广、可实现高通量检测等优点, 逐渐成为主流分子 [1, 2] [7— 9] 应温度在10—32℃, 最适生长温度在18—25℃ 。 标记 。如果能够通过前期实验, 筛选出与高温 当前, 大黄鱼的养殖模式仍以浅海网箱养殖为主, 相关的SNP标记, 借助分子标记对大黄鱼进行耐高 网箱深度为4—6 m 。由于水深较浅, 夏季大黄鱼处 温选育, 则将可以有效提高选择的准确性, 加速育 在(或接近)其可耐受高温的时间较长, 持续高温会 种进程。 导致大黄鱼生长减缓、抗病力下降, 加上病原生物