普通油茶叶绿体基因组密码子偏好性分析analysisof-广西植物.pdfVIP

DOI:10.11931/guihaia.gxzw201708001 普通油茶叶绿体基因组密码子偏好性分析 1,3 2 2 1 1 3 3 王鹏良 ，杨利平 ，吴红英 ，农有良 ，吴双成 ，肖玉菲 ，覃子海 ， 1,2 3 王华宇 ，刘海龙 1. 535011 （广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室，钦州学院，广西 钦州， ； 2. 钦州市植物生物技术重点实验室，广西钦州市林业科学研究所，广西 钦州， 535099 3. 530002 ； 广西壮族自治区林业科学研究院，广西 南宁， ） 摘要：随着油茶产业的快速发展、普通油茶的大面积推广，油茶产量仍然受到病虫害、抗旱 性及交配亲和性等因素的影响。叶绿体基因工程技术是改良植物重要性状的有效手段。为了 利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶的重要经济性状，对普通油茶叶绿体基因组密码子使 用模式开展深入系统的分析十分必要。该研究以普通油茶叶绿体全基因组序列为材料，从中 筛选出51条长度大于300bp 且以ATG起始的非重复CDS(CodingDNA Sequence)为对象， 利用CodonW 软件分析其密码子偏好性。分析结果表明：密码子第三位GC 含量为27.55%， ENC 范围在35.23~56.67之间，平均值为46.09；RSCU 值大于1.00 的密码子数目为30 个， 其中29个第三位碱基以U 或A 结尾；中性绘图表明GC 与GC 的相关系数为0.143，相关 12 3 性不显著，回归系数为0.0573；频数分布显示，55%基因的ENC 比值集中分布在0~0.1，25% 基因的ENC 比值分布在0.1~0.2 的区间；对应分析结果表明，第一向量轴占10.12%的差异， 第二向量轴占9.36%的差异，其余两轴分别为7.97%和7.46%，前4 轴累计差异为34.91%。 中性绘图、ENC-plot 和对应性分析均表明普通油茶叶绿体基因密码子偏好受突变作用，更 多受选择的影响。最终取高表达优越密码子和高频密码子共有的CUU、AUU、GUU、GUA、 UAA、CAA、AAA、GAC、GAA、CCU、ACU、GCU、GCA、UGU、CGU、AGU、UUG、 GGU 等18个密码子作为最优密码子，为利用叶绿体基因工程技术改良普通油茶重要经济性 状奠定了坚实基础。 关键词：普通油茶；叶绿体；密码子偏好；ENC；RSCU 中图分类号： 文献标识码：A 文章编号： Analysisof condonpreferenceofchloroplast genomein Camellia Oleif era 1,3 2 2 1 WANGPeng-Liang ,YANGLi-Ping ,WUHong-Ying ,NONGYou-Liang ,WU 基金项目：国家自然科学基金；钦州市科学研究与技术开发项目（201616804）[Thisstudywas supported by National Natural Science Foundation of China and the Project of Science andTechnology ofQinzhou (201616804)]。 作者简介：王鹏良 (1978.11-)，男，浙江新昌县，博士，高级工程师，主要从事遗传育种工作，E-mail： p