基于bioperl实现远程自动获取抗逆基因序列-生物信息学.pdfVIP

第 １２卷 第３期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１２ Ｎｏ．３ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０ １４ 年 ９ 月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｅｐ．，２０１４ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１４．０３．０６ 基于Ｂｉｏｐｅｒｌ 实现远程自动获取抗逆基因序列 张晓婧，潘伟民，曹兴芹∗ （新疆师范大学生命科学学院，新疆 乌鲁木齐 ８３００５４） 摘　 要：ＢｉｏＰｅｒｌ对于现今大量的生物数据来说，具有很好的获取和处理能力，并且ＮＣＢＩ提供了可以直接访问它下属的Ｅｎｔｒｅｚ 数据库（包括ＰｕｂＭｅｄ）的编程接口，即Ｅ⁃Ｕｔｉｌｉｔｉｅｓ。 为了从ＮＣＢＩ 中自动获取大量抗逆基因序列，使得生物抗逆基因二次数据 库得以搭建，该文基于ＢｉｏＰｅｒｌ 设计了远程自动获取大量抗逆基因序列的程序。 此程序灵巧、精悍，Ｐｅｒｌ 语言强大的文本处理 功能使程序能实现不同类型基因序列的远程获取。 关键词：ＢｉｏＰｅｒｌ；Ｅ⁃Ｕｔｉｌｉｔｉｅｓ；远程自动获取；抗逆基因 － － － － 中图分类号：Ｑ３４３．１　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１４） ０３ １８５ ０４ Ａ ＢｉｏＰｅｒｌ ｂａｓｅｄ ｒｅｍｏｔｅ ａｕｔｏｍａｔｉｃ ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｏｆ ＮＣＢＩ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ＺＨＡＮＧ Ｘｉａｏｊｉｎｇ，ＰＡＮ Ｗｅｉｍｉｎ，ＣＡＯ Ｘｉｎｇｑｉｎ∗ （Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｘｉｎｊｉａｎｇ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＵｒｕｍｃｈｉＸｉｎｊｉａｎｇ ８３００５４，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＢｉｏＰｅｒｌ ｈａｓ ａ ｇｏｏｄ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ ｔｏ ａｃｑｕｉｒｅ ａｎｄ ｐｒｏｃｅｓｓ ｌａｒｇｅ ａｍｏｕｎｔｓ ｏｆ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｄａｔａ． ＮＣＢＩ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ＢｉｏＰｅｒｌ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ ｔｏ ｄｉｒｅｃｔｌｙ ａｃｃｅｓｓ ｉｔｓ ｓｕｂｏｒｄｉｎａｔｅ Ｅｎｔｒｅｚ ｄａｔａｂａｓｅｓ（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ＰｕｂＭｅｄ），ｔｈｅ Ｅ⁃Ｕｔｉｌｉｔｉｅｓ． Ｉｎ ｏｒｄｅｒ ｔｏ ｇｅｔ ＮＣＢＩｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｕｔｏｍａｔｉｃａｌｌｙ ｔｏｂｕｉｌｄａ ｓｅｃｏｎｄｌｙ ｄａｔａｂａｓｅｆｏｒｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｔｒｅｓｓｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅｓ，ｉｎｔｈｉｓ ｐａｐｅｒ，Ｗｅ ｄｅｓｉｇｎｅｄ ＢｉｏＰｅｒｌ ｂａｓｅｄ ｐｒｏｇｒａｍ ｔｏ ｅｘｔｒａｃｔ ｓｔｒｅｓｓ ｔｏｌｅｒａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｐｒｏｇｒａｍ． Ｔｈｉｓ ｐｒｏｇｒａｍ ｉｓ ｓｍａｒｔ，ｌｅａｎ，ａｎｄ ｗｉｔｈ ｐｏｗｅｒｆｕｌ ｔｅｘｔ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ Ｐｅｒｌ ｌａｎｇｕａｇｅ，ｉｔ ｃａｎ ａｃｈｉｅｖｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｔｙｐｅｓ ｏｆ ｒｅｍｏｔｅ ａｃｃｅｓｓ ｔｏ ｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｆｏｒ ｍｏｓｔ ｏｆ ｔｈｅ ｒｅｓｅａｒｃｈｅｒｓ ａｎｄ ｐｒｏｖｉｄｅ ａ ｂｅｔｔｅｒ ｗａｙ ｔｏ ｇａｉｎ ａ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ＢｉｏＰｅｒｌ；Ｅ⁃Ｕｔｉｌｉｔｉｅｓ；Ｒｅｍｏｔｅ ａｕｔｏｍａｔｉｃ ｄｏｗｎｌｏａｄ；Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ 　 　 Ｐｅｒｌ语言是所有编程语言中最擅长文字处理的 万条，甚至几十万条，这其中大部分还不符合条件， ［１］ 需费时去筛选，最后才能下载，是一件耗时又耗力的 语言 ，ＢｉｏＰｅｒｌ不仅具有Ｐ