山羊pmel基因生物信息学分析-江苏农业科学.pdfVIP

江苏农业科学　２０１６年第４４卷第８期 — ４７— 李丽莎，李祥龙，毛艳朋．山羊ＰＭＥＬ基因生物信息学分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１６，４４（８）：４７－５０． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１６．０８．０１１ 山羊ＰＭＥＬ基因生物信息学分析 １ １，２ １ 李丽莎 ，李祥龙 ，毛艳朋 （１．河北农业大学，河北保定０７１０００；２．河北科技师范学院，河北秦皇岛０６６００４） 　　摘要：基于生物基因组学数据库，对山羊ＰＭＥＬ基因进行生物信息学分析，为研究该基因的功能提供依据。根据 ＧｅｎＢａｎｋ中山羊ＰＭＥＬ基因编码蛋白序列（ＧｅｎＢａｎｋ登录号：ＸＰ＿００５６８０４４２．１），利用ＥｘＰＡＳｙ数据库中的ＰｒｏｔＰａｒａｍ、 ＰｒｏｔＳｃａｌｅ程序分别预测理化性质、疏水性；利用ＣＢＳＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎＳｅｒｖｅｒｓ数据库中的ＳｉｇｎａｌＰ、ＴＭＨＭＭ、Ｐｒｏｔｆｕｎ程序分别 预测信号肽、跨膜区及其功能；利用ＰｒｅｄｉｃｔＰｒｏｔｅｉｎ、ＰＳＯＲＴ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ、ＭｏｔｉｆＳｃａｎ软件分别预测二级结构、亚细胞定 Ⅱ 位、功能位点，并对不同物种ＰＭＥＬ基因构建系统发育树。结果表明：山羊ＰＭＥＬ基因共编码６８５个氨基酸，属可溶性 不稳定蛋白，无信号肽，在接近肽链的Ｃ－端存在１个跨膜区；二级结构以无规卷曲为主，该蛋白主要在内质网中发挥 运输、结合、信号转导作用；不同物种ＰＭＥＬ基因的系统进化情况与生物进化过程中的动物学分类相符。山羊ＰＭＥＬ 基因编码蛋白在生物进化中具有较强保守性，该基因结构和功能的分析为山羊ＰＭＥＬ基因遗传特性的进一步研究奠 定了基础。 　　关键词：ＰＭＥＬ；山羊；生物信息 ＋ 　　中图分类号：Ｑ７８５；Ｓ８２６．９２　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１６）０８－００４７－０４ 　　前黑素小体蛋白（ｐｒｅｍｅｌａｎｏｓｏｍｅｐｒｏｔｅｉｎ，ＰＭＥＬ）别称 能的相关研究。本研究在已有山羊ＰＭＥＬ基因编码蛋白序列 ［１］ ｇｐ１００、ＭＥ２０、ＰＭＥＬ１７、ｓｉｌｖｅｒ ，由Ｓｌｉｖｅｒ基因编码，只在皮肤 的基础上，利用生物信息学方法对其理化性质、疏水性、信号 黑色素细胞、眼色素层黑素细胞、视网膜色素上皮细胞中进行 肽、二级结构、亚细胞定位、功能位点及其功能进行预测，基于 ［２］ 表达 。前黑素小体蛋白是一种黑色素瘤特异性糖蛋白，对 邻接法对不同物种ＰＭＥＬ基因进行系统发育分析，为后期研 黑素小体的发育具有重要作用，通过形成蛋白水解的纤维状 究山羊ＰＭＥＬ基因结构和功能对其突变的影响提供依据。 ［３］ 矩阵从而使黑色素沉积 。人类ＰＭＥＬ基因编码蛋白是一种 ［４－５］ １　材料与方法 黑素细胞特异性糖蛋白 ，该位点编码ＰＭＥＬ１７蛋白，与小 鼠的ｓｉｌｖｅｒ基因同源，编码的蛋白分子质量为７０ｋｕ，由６６８个 １．１　材料 氨基酸构成；此外，该基因还编码 ｇｐ１００蛋白，这２种蛋白质 通过 ＮＣＢＩ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）的Ｂｌａｓｔ检 通过基因交替剪接成２个竞争性３′接受位点而产生，由于催 索人类、小家鼠、家牛等 １６个物种的ＰＭＥＬ基因蛋白质序列 ［６］ 化活性的不同，这２个位点可产生２种蛋白质 。在色素细 （表１）。 胞中，黑素小体是一种专门用于合成、储存、转运黑素的细胞