日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较-海洋学报.pdfVIP

第 卷 第 期 海 洋 学 报 ， ３４ ５ Ｖｏｌ．３４Ｎｏ．５ 　 　　 　　 　　 年 月 ＡＣＴＡＯＣＥＡＮＯＬＯＧＩＣＡＳＩＮＩＣＡ ２０１２ ９ Ｓｅｔｅｍｂｅｒ２０１２ ｐ 日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较 ， １ ２ ３ ４ 申欣 ，李晓 ，徐启华 （ 淮海工学院 海洋学院，江苏 连云港 ； 中国科学院 海洋研究所，山东 青岛 ； 山东省花生研 １． ２２２００５２． ２６６０７１３． 究所，山东 青岛 ； 淮海工学院 电子工程学院，江苏 连云港 ） ２６６１００４． ２２２００５ 摘要：首先通过基因组 ＤＮＡ的提取、通用引物 ＰＣＲ扩增和长 ＰＣＲ扩增，从而获得 日本鼓虾 （ ）的线粒体 ；应用鸟枪法和引物步移法测序，获得了日本鼓虾的线粒 犃犾犺犲狌狊犪狅狀犻犮狌狊 ＤＮＡ 狆 犼狆 体基因组全序列。结合 线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾（ ）的线粒 ＧｅｎＢａｎｋ 犃．犱犻狊狋犻狀狌犲狀犱狌狊 犵 体基因组，比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力 和差异位点等。研究结果表明，在 日本鼓虾线粒体基因组中共存在 对基因的重叠。日本鼓 ９ 虾线粒体基因组全长１６４８７ｂｐ，较鲜明鼓虾线粒体基因组（１５７００ｂｐ）长，主要是由于最大非 编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码 个基因，且 个基因 ３７ ３７ 的基因排列完全一致；与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比，仅出现 个转运 基 １ ＲＮＡ 因（ ）的易位和倒位。 个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子 狋狉狀犈 ２ 存在差异。除了 基因外，其余 个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓 犮狅犫 １２ 虾线粒体基因组 个线粒体蛋白质编码基因的 ／ 比值都远远低于 ，显示出较强的负 １３ 犓犪犓狊 １ 选择。在 个主编码基因中， 基因的变异位点数最多，其次是 基因和 基 １５ 狀犪犱５