用于寡核苷酸探针设计的arb软件-生物信息学.pdfVIP

第 １５卷 第２期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１５ Ｎｏ．２ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０１７年０６月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｊｕｎ． ２０１７ － ＤＯＩ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１６１１１５００１ 用于寡核苷酸探针设计的ＡＲＢ软件 王敬敬，赵　 维，黄志勇∗ （天津市工业生物系统与过程工程重点实验室（中国科学院天津工业生物技术研究所），天津３００３０８） 摘　 要：探针设计是制备高质量基因芯片的重中之重。 ＡＲＢ软件是用于设计系统发育芯片（ＰｈｙｌｏＣｈｉｐ）探针的主要软件，然而 由于安装困难、相关中文文章较少等原因，阻碍了其在国内的广泛使用。 本文详细介绍了ＡＲＢ软件的安装方法、探针设计及 其他功能。 这将有助于用户快速使用ＡＲＢ软件进行探针设计，促进系统发育芯片的发展及其在各领域的应用。 关键词：ＡＲＢ软件；探针设计；基因芯片 － － － 中图分类号：Ｑ３４１　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１７）０２ １２７ ０７ Ａｂｒｉｅｆ ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎｔｏｔｈｅ ＡＲＢ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃ⁃ｌｅｏｔｉｄｅ ｐｒｏｂｅｓ ＷＡＮＧＪｉｎｇｊｉｎｇ，ＺＨＡＯ Ｗｅｉ，ＨＵＡＮＧＺｈｉｙｏｎｇ∗ （ＴｉａｎｊｉｎＫｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙｆｏｒ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ ａｎｄ Ｂｉｏｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（ＴｉａｎｊｉｎＩｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ），Ｔｉａｎｊｉｎ ３００３０８，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｐｒｏｂｅ ｄｅｓｉｇｎｉｓｔｈｅｍｏｓｔ ｉｍｐｏｒｔａｎｔｐａｒｔｆｏｒｔｈｅｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎｏｆ ｈｉｇｈ ｑｕａｌｉｔｙ ｇｅｎｅｃｈｉｐ．ＡＲＢ ｓｏｆｔｗａｒｅｉｓｔｈｅ ｍａｉｎ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｕｓｅｄ ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｐｒｏｂｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｇｅｎｅ ｃｈｉｐ （ＰｈｙｌｏＣｈｉｐ）． Ｔｈｉｓ ｐａｐｅｒ ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ ｔｈｅ ｉｎｓｔａｌｌａｔｉｏｎ，ｐｒｏｂｅ ｄｅｓｉｇｎ ｕｓｉｎｇ ＡＲＢ ｓｏｆｔｗａｒｅ，ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ ｏｆ ＡＲＢ ｓｏｆｔｗａｒｅ． Ｔｈｉｓ ｗｉｌｌ ｈｅｌｐ ｕｓｅｒｓ ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｐｒｏｂｅ ｑｕｉｃｋｌｙ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ＡＲＢ ｓｏｆｔｗａｒｅ，ａｎｄ ｐｒｏｍｏｔｅ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＰｈｙｌｏＣｈｉｐ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ＡＲＢ ｓｏｆｔｗａｒｅ；Ｐｒｏｂｅ ｄｅｓｉｇｎ；Ｇｅｎｅ ｃｈｉｐ 　 　 基因芯片以其高通量、微型化和自动化等优点 更好地解决环境问题，探索环境微生物群落的多样 逐渐成为基因表达检测、突变检测、基因组多态性分 性和复杂性，解析在不同的生态系统下微生物群落 析和基因文库作图以及杂交测序等方面的重要工 的功能，出现了越来越多的基于ＡＲＢ软件设计的系 － 具，并已广泛应用于疾病诊断和治疗、药物筛选、农 统发育芯片（ＰｈｙｌｏＣｈｉｐ） ［８ １０］