单标记分析和简单区间作图-数量遗传课题组.pdf

第七章 QTL作图中的其它常见问题 王建康，李慧慧，张鲁燕 中国农业科学院作物科学研究所 wangjiankang@ QTL作图中的常见问题 • QTL作图是基因精细定位和克隆的基础, 目前已成为 数量性状遗传研究的常规方法. QTL定位结果可以帮 助育种家获得目标性状的遗传信息, 借助与QTL连锁 的分子标记在育种群体中跟踪和选择有利等位基因, 提高选择的准确性和预见性. • 但是, 在利用QTL作图开展遗传研究的过程中也经常 碰到一些问题, 这些问题大致可分为有关作图统计方 法, 有关遗传参数估计, 以及有关作图群体及连锁图 谱等三大类. 有些问题第一~第六章已有所解答, 如 LOD临界值的选择, 不同作图方法检测功效模拟和比 较等. 本章对之前没有或较少涉及的一些问题做出分 析和解答, 供广大科研工作者在利用QTL作图开展遗 传研究时参考. 第七章QTL作图中的其它常见问题 • §7.1 QTL遗传方差和贡献率的计算 • §7.2 复合性状的QTL作图 • §7.3 加密标记对QTL检测功效的影响 • §7.4 缺失标记的填补以及缺失对QTL作图的影响 • §7.5 奇异分离对遗传研究的影响 • §7.6 数量性状表型分布的非正态性 §7.1 QTL遗传方差和贡献率的计算 • §7.1.1 单个QTL的遗传方差和贡献率 • §7.1.2 连锁QTL的遗传方差和贡献率 • §7.1.3 QTL贡献率与QTL检测功效的提高 单个QTL的加显性遗传模型 • 在一个遗传群体中, 三种QTL基因型QQ, Qq和qq 的频率用f QQ, f Qq和f qq表示. QTL作图中, 首先估 计的是三种基因型的平均表现μ , μ 和μ . 在 QQ Qq qq 此基础上, 根据加显性模型估计QTL的加显性效 应a和d. • 加显性模型给出三种基因型的平均表现和加显 性效应之间的线性关系, 即, μ =m+a; μ =m+d; μ =m-a QQ Qq qq 单个QTL产生的遗传方差 • QTL的遗传方差(用V 表示) 依赖于三种基因型的平均表现, Q 以及它们在一个群体中的频率, 即, 2 2 2 2 V f ×µ +f ×µ +f ×µ −(f ×µ +f ×µ +f ×µ ) Q QQ QQ Qq Qq qq qq QQ QQ Qq Qq qq qq • 根据加显性模型, 可以得到QTL的遗传方差与加显性效应之 间的关系为, V f +f − f −f 2 a2 − f f −f ad + −f 2 d 2 Q [ QQ qq ( QQ qq ) ] 2 Qq ( QQ qq ) (f Qq Qq ) • 如群体中仅存在两种QTL基因型QQ和qq, 它们的频率用f QQ 和f qq表示. 则QTL遗传方差的表达式为, V 4f f a 2 Q QQ qq • 对于三种QTL基因型的群体, 当基因型的频率偏离孟德尔分离比时, 遗传方差中 除加性效应和显性效应的平方项外, 还包含有加性效应和显性效应的乘积项. 乘积项可正可负, 这时很难从QTL加显性效应的大小判断QTL遗传方差的高低. 单个QTL的表型贡献率 •