第十四章-药物生物信息学.ppt

小 结 药物靶标其特征及相关数据库 药物靶标识别及分子对接软件 药物基因组生物标志物发现方法 药物基因组数据库 * （三）Clinvar数据库 Clinvar数据库是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）于2012年11月建立的基因突变与医学临床表型数据库，该数据库的建设主旨是为了促进和加速人们对人类基因型与医学临床表型之间关系的深度研究。 利用Clinvar数据库可以快速将基因突变与临床表型关联起来，为后期研究提供帮助。 Clinvar数据库主要整合了4个方面的信息： ①变异信息（variation），整合了dbSNP、dbVar、gene、GTR等数据库信息； ②表型信息（phenotype），整合了MedGen（HPO、OMIM）数据库信息； ③解释和注释信息（interpretation），整合了ACMG、Sequence Ontology等数据库信息； ④证据信息（evidence），整合了Pubmed、GTR等数据库信息。 Clinvar数据库登陆首页后可以用基因名称、突变名称、临床表型和药物名称进行检索。 阿司匹林相关遗传变异检索结果 （四）Cosmic数据库 Cosmic数据库由英国威康信托基金会Sanger研究所建立，其目的是收集所有癌症相关的体细胞突变。 绝大多数体细胞突变无表型效应，但少数突变可引起细胞遗传结构及功能发生改变。体细胞突变在肿瘤的发生发展及疗效过程中起着重要作用。 运用Cosmic数据库，研究人员可快速查找到所查基因的所有体细胞突变的详细信息，包括突变名称、位置、相关注释等，并提供筛查出体细胞突变的样本信息供科研人员下载。 截止到2014年7月，Cosmic数据库已收集到27829个基因的1808915个编码突变，674592个拷贝数变异。另外，数据库还收集了999872个样本的信息，其中9424个样本具有全基因组的突变信息。 KRAS在Cosmic数据库中的检索结果 二、生物芯片与药物基因组学研究 （一）DEMT芯片 DEMT plus芯片是目前最广泛使用的药物基因组学研究专用基因芯片，它可检测225个基因的1936个遗传变异，其中绝大多数变异为SNP，此外还包含CYP2D6的一个缺失突变以及CYP2D6、CYP2A6、GSTT1、GSTM1和UGT-2B17基因位点的5个CNV。 DMET芯片的检测可在两天内完成 其工作流程 ①首先将1ug DNA与多重PCR混合液混匀进行扩增； ②将扩增产物退火并加入DMET分子倒位探针混匀结合； ③将结合产物进行填充、连接、消化及第二次扩增； ④将二次扩增产物片段化、标记并与芯片杂交； ⑤染色、洗涤后进行扫描，应用DMET Console软件读取分型结果。 虽然DMET在药物基因组学研究领域具有较大的优势，但仍有许多障碍阻碍了它的推广。 首先，到目前为止DMET芯片仍未获得美国食品药品管理局（FDA）的批准；其次是价格相当昂贵，单张芯片的价格高达3000人民币，甚至超过了普通GWAS芯片的价格，严重限制了其推广应用。 （二）Vera Code ADME芯片 Vera Code ADME芯片是Illumina公司推出的一款药物基因组学研究专用芯片。 该芯片基于Illumina公司的Vera Code的互补性的低-多重技术，该技术适用于靶点验证和分子检测开发。 Vera Code ADME芯片的工作流程 ①将32个样品的DNA等分为3份然后加入96孔板中红、黄、蓝的三个部分，并加入碱性溶液变性； ②在96孔板的三个部分分别加入不同的生物素标记引物混合液进行PCR扩增，完成后再次加入碱性溶液变性； ③扩增产物与磁珠结合结合，然后加入荧光标记扩增混合液，对PCR产物进行荧光标记和连接； ④利用磁珠制备和纯化荧光素标记的单链； ⑤将单链产物进行多重PCR扩增并与Veracode微珠杂交； ⑥运用BeadXpress Reader扫描荧光信号并判定结果（蓝色为野生型、紫色为杂合子、红色为突变纯合子）。 第五节 基于药物基因组的个体化药物治疗 Section5 Individualized Drug Therapy Based on Pharmacogenomics 一、肿瘤靶向药物的个体化治疗 靶向药物（targeted medicine）治疗是目前最先进的用于癌症的治疗方式，它利用靶向药物能够与癌症发生、肿瘤生长所必需的特定分子靶点起作用的特性来阻止癌细胞的生长，具有疗效好、副作用小的特点。 靶向治疗要求接受治疗的患者必须具有靶向药物的作用靶点，对无响应靶点的患者用药，可能导致治疗无效，延误患者病情，因此在进行治疗前需进行靶点分型。 （一）HER2基因检测 曲妥珠单抗（Trastuzumab）是2006年美国FDA批准的用于人类表皮生长因子受体2