ABEEMσπ-GB／SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能.pdfVIP

第 36卷第 4期 辽宁师范大学学报 (自然科学版) Vo1．36 No．4 2013年 l2月 JournalofLiaoningNormalUniversity (NaturalScienceEdition) Dec． 2Ol3 文章编号 ：1000—1735(2013)04—0502—05 doi：10．11679／lsxblk20l3040502 ABEEMow．GB／SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能 赵东霞， 董慧馨 (辽宁师范大学 化学化工学 院，辽宁 大连 116029) 摘 要：使用 ABEEM 丌浮动电荷极化分子力场 ，在 298K，NVT系综下对 5种构象的 Ala四肽水溶液进行 了动力学模拟．计算了动力学平衡态下 Ala四肽 中非氢原子的均方 根偏差．结合广义玻恩模型(GB)计算 了溶剂化 自由能的极性部分，使用 SA 方法计算 了 溶剂化 自由能的非极性部分．溶剂化 自由能的结果表 明，Ala四肽 a螺旋和 折叠构象 容易在水溶液中存在．使用类似方法分别对Gly，Leu，Val，Asn和 Asp四肽 的a螺旋构 象水溶液进行 了动力学研究，计算了这 5种 四肽的溶剂化 自由能．结果表 明，Asp和Asn 四肽亲水性较强，Leu、Val和 Ala四肽疏水性较 强，Gly四肽居 中，此结论与实际相符． 该类研究为ABEEM 丌浮动电荷力场用于其他生物大分子体系奠定 了很好的基础． 关键词 ：ABEEM研 ／MM 浮动电荷分子力场；四肽；分子动力学模拟 ；溶剂可及表面积； 溶剂化 自由能 中图分类号 ：O641．121 文献标志码：A 由于受到计算能力的限制以及理论方法的局限性 ，早期的分子模拟往往只考虑体系在真空中分子 之间的作用．但是，很多化学反应 以及生命过程都是在溶剂 ，尤其是水溶剂 中进行．溶剂效应对于生物 体系，比如蛋白质 、DNA和 RNA 的结构和功能 以及与其他分子之问的相互作用 ，都是至关重要 的【1]．在许多的生物分子溶液体系中，溶剂化 自由能决定了所形成溶液的浓度与稳定性． 很多连续介质模型用来计算分子的溶剂化 自由能[3_6]，其 中，能快速而高效地计算溶剂化 自由能的 一 种方法 ，是 Still等人所提出的广义波恩(GB)模型[6]，但是该方法计算准确度有待于提高．其主要原 因之一在于该方法计算时采用的电荷是固定电荷，因而并不能真实地体现溶质分子进人溶剂后其 电荷 随环境变化而发生相应变化的情况．合理的极化电荷的模型 ，对于准确计算溶剂化 自由能是至关重要 的．在描述溶剂化 自由能时，核心问题仍然是静电相互作用和极化作用的处理．因此 ，电荷 自然也就成 为其 中的关键因素，电荷 的合理与否直接影响着 自由能 中的静 电相互作用的计算精度．近几年杨与其 合作者发展了浮动电荷方法[7]，该方法在探讨和计算溶剂化 自由能时[8I9]，得到的结果与实验值 比较 ， 好于其他方法的结果． 氨基酸四肽的结构与螺旋状蛋 白质的二级结构含有相类似的氢键，并且是含有该种氢键的最短肽 链r1．本文使用浮动电荷力场 (ABEEM 7r)与Still等人 的GB模型相结合 ，计算和探讨 了6种氨基酸 四肽分子的溶剂化 自由能和每个四肽分子 的亲水面积和疏水面积． 收稿 日期 ：2013—04—28 基金项 目：国家 自然科学基金项 目21073080) 作者简介 ：赵东霞 (1971一)，女，河南长垣人 ，辽宁师范大学教授 ，博士，博士生导师． 第 4期 赵 东霞等 ： ABEEMan-GB／SA 方法计算6种氨基酸 四肽溶剂化 自由能 503 1 计算方法与细节 通过前人长期的理论研究和实践 ，溶剂化 自由能可写成非极性和极性两部分的和，即 G。。i—G po】+Gp。】 (1) 其 中，Gp0l为非极性溶剂化 自由能(也称为疏水作用)，可以写成溶剂洞穴的形成 自由能(G )和溶质与 溶剂范德华 (G w)相互作用之和 ，它是决