基于满足性判定的布尔网络环求解算法-电子科技大学学报.pdfVIP

第44 卷 第6 期 电 子 科 技 大 学 学 报 Vol.44 No.6 2015年11月 Journal of University of Electronic Science and Technology of China Nov. 2015 ·计算机工程与应用· 基于满足性判定的布尔网络环求解算法 1 1 1 2 郭文生 ，杨国武，李晓瑜，高 敏 (1. 电子科技大学计算机科学与工程学院 成都 610054 ；2. 加州大学洛杉矶分校电子工程学院 美国 加州 洛杉矶 CA 90034) 【摘要】环是布尔网络状态转换过程中的稳定态，在模式检测、基因调控网络和可达性分析等领域都有重要的意义。计 算布尔网络状态转换中的所有环是一个NP 完全问题。该文基于全解布尔满足性判定(SAT)算法，设计了一种求解所有小于等 于指定步长环的算法。算法基于布尔网络的状态转换函数和状态环属性生成合取范式形式(CNF)的问题集，通过融合冲突子句 学习(CDCL)、非时序回退、阻塞子句和变量分类等技术，降低算法的计算复杂度。实验结果表明，该算法能够高效地计算指 定步长的环。对于无法计算所有环的复杂网络，指定步长计算环的方式将更有应用价值。 关 键 词 布尔网络; 环; 满足性判定; 阻塞子句 中图分类号 TP301.6 文献标志码 A doi:10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015 SAT-Based Algorithm for Finding Cycles in a Boolean Network 1 1 1 2 GUO Wen-sheng , YANG Guo-wu , LI Xiao-yu , and GAO Min (1. School of Computer Science and Technology, University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054; 2. School of Electronic Engineering, University of California-Los Angeles Los Angeles Califonia USA 90034) Abstract A cycle which is a steady state in Boolean network state transition is important in modeling checking, genetic regulatory networks and reachability analysis. Obtaining all the cycles in Boolean network state transition is a NP complete problem. In this paper, we proposes an algorithm for solving all the cycles which have less than or equal to the assigned step length based on all-solution Boolean satisfiability (SAT) algorithm. By extending the state transition function of a Boolean network and the propert