第三章核酸的生物有机化学(下).ppt

1. 氨基酸的活化 一分子氨基酸的羧基与另一分子氨基酸的氨基作用形成肽键，是一个需能反应过程。蛋白质的生物合成是从氨基端开始向羧基端延伸。活化了的氨基酸按一定的顺序加到正在延伸的肽链上。氨基酸羧基的活化是通过与tRNA结合成氨基酸酰-tRNA而实现的。 ⑴ tRNA的结构和功能：tRNA的功能是活化相应的氨基酸，并且按照mRNA的遗传信息，将氨基酸输送到蛋白质合成基地。 tRNA是单链多聚核苷酸。不同的tRNA在结构上有相似之处，大约含有70~80个核苷酸单元。其中还含有一些不常见碱基形成的核苷，主要有如下几种: 每一个氨基酸最少有一个相应的 tRNA。1960年，科学家们确定了第一个tRNA的一级结构—丙氨酸的tRNA。随后，其他氨基酸的tRNA也逐一被分离和鉴定。 tRNA分子中有两个重要的功能部位。氨基酸臂：位于链的3-OH端部分，是氨基酸的结合和活化部位。 反密码臂：位于下方的凸环部分，含有特殊顺序的三个相连的核苷酸，称为反密码子(anticodons)。它与mRNA上的三个碱基组成的遗传密码子(codons)互补对应，是tRNA识别mRNA信息的核心部分。 ⑵ 氨基酸的活化机制：用于蛋白质合成的氨基酸，实际上是它的活化酯。即氨基酸的羧基与tRNA氨基酸臂的3-OH形成的酯—氨基酸酰-tRNA(aminoacyl-tRNA) 第一步是氨基酸与ATP作用，形成氨基酸酰腺嘌呤核苷酸。第二步是氨基酸酰基转移到tRNA的3-OH端上，形成氨基酸酰-tRNA。 开发的比较特殊的酰基保护基：三氟乙酰基(CF3CO-)、苯氧乙酰基 (PhOCH2CO-)、甲氧基乙酰基(CH3OCH2CO-)，γ- 酮酰基和烯酮酰基等。即保护基能在不同条件下被除去，具有比乙酰基更容易除去特性。 例如：取代的γ-酮酰基(γ-keto acyl)在中性条件下，用水合肼处理可以方便地除去。 丙烯酰基(acrylyl)和γ-酮酰基性质相似，也可以用肼解方法除去。 某些碳酸酯基也可以用于核糖羟基的保护。如氯甲酸异丁酯(isobutyl chloroformate)可用于保护胸腺嘧啶核苷的5-OH。 形成的酯在酸性条件下稳定，但可以在碱性条件被除去。 如果核糖的5-OH基已经被保护，则这类碳酸酯基也可用于2-OH和3-OH的保护。 ③ 叔丁基二甲基硅烷基：用叔丁基二甲基硅烷基(t-butyl dimethylsilyl)保护核糖羟基具有很好的选择性，并且不易发生异构化。胸腺嘧啶核苷和硅烷化试剂反应及选择性如表3-3。 A 82% B 2% C 4% A 35% B 6% C 46% A 73% B 1% C 15% 在适当的反应条件下，硅烷化反应主要发生在第一醇羟基上。过量硅烷化试剂存在时，第二醇羟基也能发生硅烷基化。对碱基上的氨基无明显作用。硅醚对碱和肼稳定，对酸比较敏感。 5-OH和2-OH或 3-OH的硅烷基化产物对酸的敏感程度也不相同。叔丁基二甲基硅烷基与第一醇羟基形成的硅醚在酸性条件下最容易除去。因此控制条件，可以制备3-或5-硅醚。 ④ 四氢吡喃基：用四氢吡喃(tetrahydropyranyl,THP)保护醇羟基是一个在有机合成中广泛应用的方法。该保护基的引入和除去均在酸性条件下进行。 四氢吡喃醚对碱稳定。在核酸合成中，THP基主要用于保护核糖的2-OH。成功的保护2-OH基，对于RNA的合成具有非常重要的意义。 由2,3-二氢吡喃与糖羟基形成的THP醚有一个不对称中心，因而存在两个光学异构体： 这两种异构体的某些物理性质，如熔点、Rf值等都有所不同，因此在分离过程中常常会引起麻烦。为了克服这一个缺点，可以用3,4-二氢-4-甲氧基吡喃(3,4-dihy dro-4-methoxy-2H-pyran)代替2,3-二氢吡喃。这样可以得到不含手性碳的THP醚。 3,4-二氢-4-甲氧基吡喃 应用THP基保护核糖2-OH的过程比较复杂。下面是基本反应过程： + ⑤ 2-和3-羟基同时保护法：核糖的2-和3-羟基处于顺式位置，可以用异丙亚甲基同时进行保护。常用的保护剂是丙酮。核苷和丙酮在酸和去水剂(如2,2-二甲氧基丙烷或原甲酸酯等)存在下反应，生成缩醛，从而对2-OH 和3-OH保护。由于缩醛对酸敏感，因此可以在酸性条件下方便地除去。 苯甲酮、环己甲酮以及原酸酯等也可以代替丙酮用于上述保护反应。 ⑶ 磷酸酯基的保护：多聚核苷酸是由核苷酸通过3,5-磷酸