基于gwas发掘甜瓜核心种质果实性状的关联位点-应用科学学报.pdfVIP

Online system: 农 业 生 物 技 术 学 报 Journal of Agricultural Biotechnology 2017, 25(9): 1434-1442 DOI: 10.3969/j.issn. 1674-7968.2017.09.006 基于GWAS 发掘甜瓜核心种质果实性状的关联位点 * 王艳玲 许彦宾 李琼 王盼乔 胡建斌 杨路明 朱华玉 孙守如 马长生 河南农业大学 园艺学院/河南省果树瓜类生物学重点实验室，郑州450002 *通讯作者，jianbinhu@ .cn 摘 要 甜瓜(Cucumismelo)果实外观性状是重要的农艺性状，发掘影响甜瓜果实性状变异的基因(位点) 是对果实外观品质进行遗传改良的基础。为此，本研究利用在甜瓜染色体上均匀分布的104个SSR，对 甜瓜核心种质进行基因型鉴定，并对2013~2015 年连续3 年间的5 个果实性状进行全基因组关联分析 (genome-wide association study, GWAS) 。结果表明，在甜瓜核心种质中共检测到456 个等位基因，标记的 多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)为0.12~0.89，平均PIC为0.51 。核心种质的遗传 多样性较丰富，5 个果实性状的多样性指数(Shannon Wiener index, H′)均高于2.0 。基于贝叶斯模型可将 核心种质分为2 个亚群，亚群的划分与甜瓜亚种分类一致。利用GWAS 在3 个环境下共检测到42 个极显 著关联位点(P＜0.01) ，4 个位点(HNM36、DM0035、HNM38 和DM0767)在3 年间重复出现，21 个位点在2 年间重复出现，一些稳定表达的位点与前人连锁分析结果的一致性较高。与果纵径(fruit length, FL)、果 横径(fruit diameter, FD)、果形指数(fruit shape index, FS)、果肉厚度(flesh thickness, FT)和单果鲜重(fruit fresh weight, FW)相关位点数分别有10、5、9、8 和10 个，具有最大表型解释率的位点分别为HNM36、 HNM 16、CMCCA145、HNM31 和HNM31 。研究结果为甜瓜果实性状QTL 精细定位、候选基因发掘和分 子标记开发提供基础。 关键词 甜瓜，核心种质，果实性状，全基因组关联分析(GWAS) 中图分类号 S652 文献标识码 A Discovery of Related Locus on Core Collection of Melon (Cucumismelo) Fruit Character Based on GWAS WANG Yan-Ling XU Yan-Bin LI Qiong WANG Pan-Qiao HU Jian-Bin* YANG Lu-Ming ZHU Hua-Yu SUN Shou-Ru MA Chang-Sheng Henan Key Laboratory of Fruit and Cucurbit Biology, College of Horticulture, Henan Agricultural University, Zhengzhou 450002, China * Corresponding author, jianbinhu@ Abstract The external characters of melon (Cucumismelo) fruit are the important agronomic characters which are closely related to the consumption habits. Discovery of the genes/loci affecting melon fruit character variation provides a basis for genetic improvement of