基于nbs-lrr类r基因保守结构域克隆瓠瓜抗病-华南农业大学学报.pdfVIP

　华南农业大学学报　２０１５，３６（５）：９２９８ ｈｔｔｐ： ｘｕｅｂａｏ．ｓｃａｕ．ｅｄｕ．ｃｎ ∥ 　　　　　　　　　　 　ＪｏｕｒｎａｌｏｆＳｏｕｔｈＣｈｉｎａＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｄｏｉ：１０．７６７１／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１４１１Ｘ．２０１５．０５．０１６　 赵　芹，谢大森，何晓明，等．基于ＮＢＳＬＲＲ类Ｒ基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列［Ｊ］．华南农业大学学报，２０１５，３６（５）：９２９８． 基于ＮＢＳＬＲＲ类Ｒ基因保守结构域克隆 瓠瓜抗病基因同源序列 赵　芹，谢大森，何晓明，罗少波，彭庆务 （广东省农业科学院蔬菜研究所，广东广州５１０６４０） 摘要：【目的】分离鉴定瓠瓜Ｌａｇｅｎａｒｉａｓｉｃｅｒａｒｉａ抗病种质的抗病基因同源序列（Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅａｎａｌｏｇｓ，ＲＧＡｓ），为瓠 瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础．【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复 （Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅａｎｄｌｅｕｃｉｎｅｒｉｃｈｒｅｐｅａｔ，ＮＢＳＬＲＲ）类抗病基因保守区设计简并引物，从“大籽瓠”抗性材料 基因组ＤＮＡ中分离抗病基因同源序列，并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化 分析．【结果和结论】基于同源克隆策略，获得２３条瓠瓜ＮＢＳ抗病同源序列，命名为ＨＮＢ１～ＨＮＢ２３，ＧｅｎＢａｎｋ登录 号为ＫＪ９０８１９２～ＫＪ９０８２１４．序列分析及同源比对结果表明，这些 ＲＧＡｓ长度变异在２４２～２６１ｎｔ之间，１８条序列具 有连续开放阅读框（Ｏｐｅｎｒｅａｄｉｎｇｆｒａｍｅ，ＯＲＦ），推导氨基酸序列具有Ｐｌｏｏｐ、Ｋｉｎａｓｅ２ａ典型ＮＢＳ类Ｒ基因保守结构 域；核苷酸序列相似性为４１．５％～９８８％，氨基酸序列相似性为２１．５％ ～１００．０％；利用ＮＣＢＩＢｌａｓｔ同源搜索发现， 与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知Ｒ基因具有４０％ ～１００％相似性；氨基酸序列聚类分析将其分为 ５个组；同源进化分析表明，２３条瓠瓜ＲＧＡｓ均为ｎｏｎＴＩＲＮＢＳＬＲＲ类Ｒ基因，与推导氨基酸序列多重比较结果一 致． 关键词：瓠瓜；ＮＢＳＬＲＲ类；抗病基因同源序列；简并引物；序列分析 中图分类号：Ｓ６４２．９　　　　　　文献标志码：Ａ　　　　　文章编号：１００１４１１Ｘ（２０１５）０５００９２０７ ＣｌｏｎｉｎｇｏｆｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅａｎａｌｏｇｓｆｒｏｍＬａｇｅｎａｒｉａｓｉｃｅｒａｒｉａｂａｓｅｄｏｎ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄｄｏｍａｉｎｓｏｆＮＢＳＬＲＲｔｙｐｅＲｇｅｎｅ ＺＨＡＯＱｉｎ，ＸＩＥＤａｓｅｎ，ＨＥＸｉａｏｍｉｎｇ，ＬＵＯＳｈａｏｂｏ，ＰＥＮＧＱｉｎｇｗｕ （ＶｅｇｅｔａｂｌｅＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＧｕａｎｇｄｏｎｇＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ５１０６４０，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：【Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ】Ｉｓｏｌａｔｉｏｎａｎｄｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅａｎａｌｏｇｓ（ＲＧＡｓ）ｏｆＬａｇｅｎａｒｉａ ｓｉｃｅｒａｒｉａｗｏｕｌｄｌａｙｔｈｅｆｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒａｆｕｒｔｈｅｒｃｌｏｎｉｎｇｏｆｄｉｓｅａｓｅｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅｓａｎｄｍａｒｋｅｒａｓｓｉｓｔｅｄｓｅ ｌｅｃｔｉｏｎ（ＭＡＳ）ｏｆｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｂｒｅｅｄｉｎｇ．【Ｍｅｔｈｏｄ】Ａｃｃｏｒｄｉｎｇｔｏｔｈｅｃｏｎｓｅｒｖｅｄｄｏｍａｉｎｓｏｆｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｂｉｎｄ ｉｎｇｓｉｔｅａｎｄｌｅｕｃｉｎｅｒｉｃｈｒｅｐｅａｔ（ＮＢＳＬＲＲ）ｔｙｐｅｏｆｄｉｓｅａｓｅｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅｓｉｎｍｏｓｔｋｎｏｗｎｐｌａｎｔｓ，ｄｅ