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分子动力学模拟蛋白质吸附过程中势能函数计算的分组简化.pdf
第22卷第5期 计算机与应用化学 V01．22．No．5
and Chemistry May，2005
2005年5月28日 ComputersApplied
分子动力学模拟蛋白质吸附过程中势能函数计算的分组简化
滕智津1‘2，韩振为1’2
(1．天津大学化工学院，天津，300072；2．天津大学精馏技术国家工程中心，天津，300072)
摘要：分子水平上理解蛋白质吸附的机理，是目前蛋白质工程、生物材料和生物医学领域中一个基本问题。本文根据蛋白质
分子结构的特点，采用刚体模型，在NVT条件下，对聚十赖氨酸分子在固液界面上的吸附过程进行了分子动力学模拟。在计
算过程中，通过对原胞内原子进行适当分组的方法改进，以求进一步提高对势能函数的计算速度。研究结果表明，适当分组
的方法可以简化分子动力学模拟的计算过程，加快计算速度，而模拟结果反映了吸附过程中蛋白质分子构象变化过程。
关键词：分子动力学模拟；蛋白质吸附；势能函数；分组简化
71
中图分类号：TQ937；Q
文献标识码：A
文章编号：1001_4160(2005)05—389—391
conditionandthenearestconVectioninthe
boundary image pro-
Usingperiodical
teinmolecularsimuIatiOn
andHANZhenWeil，2
TENGZhjJinl，2
J ofChemlcaI and of
Tianjin
(1．Schoo EngineerIng TechroIogy Engineer．ng
forDlsti¨ation of
ResearchCenter TechnoIogyTianjinUniVersity，Tianjin，300072，China)
inmolecularlevelisabasic for andbiomedical．
Abstract：Understangingproteinadsorption problemproteinengineering，biomaterial
characteristicof a modelinMDsimulationof at
the
Considering pIDtein，weproposedrigid-body poly一10一lysineadsorptionsolid—liquid
of a methodfor truncation．Itwasshownthat
interface．Thesimulationismuchaccelemtedbecause
adoptingspecialgrouping potential
the methodcan and the ofmolecular simulation． result
specialgrouping simplifyquickenprocess dynamics
of
renectswellthe oftransfo瑚ationmolecule．
very process protein
method
KeywOrds：moleculardynamicsimulation，proteinadsorption，potentialfunc
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