第四章+分子进化分析.ppt

* 生物信息学与分子进化 一、蛋白质互作网络进化 蛋白质互作网络进化图 （一）网络中的蛋白质个体进化 蛋白质互作网络对蛋白质个体进化性质的影响，即蛋白质互作是否会减慢蛋白质进化速率，是在蛋白质个体层面上研究网络进化的主要问题。 蛋白连接度同其进化速率之间可能存在较弱的负相关关系 。 （二）网络中的蛋白互作对进化 互作的两个蛋白质在进化上是否趋向具有相似的性质？在分子水平上是否趋向共进化？这是网络中蛋白质互作对进化研究要回答的问题。 互作的蛋白质倾向于具有更相似的进化速率，且网络中的蛋白质互作对在表达水平等层次上也可能存在微弱的共进化现象。 （三）网络中的模体进化 对于网络模体进化的研究主要集中在探讨模体是否对其成员蛋白进化具有约束作用。 模体成员蛋白质要比非模体成员蛋白质在进化上更具有保守性。 （四）网络中的模块进化 蛋白质互作网络具有层次模块化特性。功能模块的最显著的特点是其往往表现出内部更可能在功能和拓扑上互相联系，在蛋白互作网络中主要以蛋白质复合物的形式存在。 网络的模块化对蛋白质进化可能有约束作用，成员蛋白质之间在进化速率，表达水平等方面表现出共进化特性 。 （五）网络的整体进化 研究蛋白质互作网络整体进化的最主要问题是蛋白质互作网络的起源。 无标度和小世界网络的进化模型。目前应用最为广泛的是优先连接模型和复制-分歧模型。 优先连接模型描述网络的生长是通过不断向网络中添加新的节点来实现的，而新添加的节点倾向于优先与原有网络中度高的节点连接。 在复制-分歧模型中，网络中的初始蛋白质被随机选择并复制，且伴随该蛋白质参与的所有互作。 二、转录因子和miRNA的进化 不考虑转录因子自身的发育作用就不能谈基因调控的进化，因为这些作用能够对调控关系的进化起作用。 （一） 发育过程中的转录因子和miRNA （二）Trans因子的进化 转录因子和miRNAs在植物和动物界中的独立进化。 因为在植物和动物中没有同源的miRNA，而且，miRNA的生物合成和miRNA调节基因表达在植物和动物中也是显著不同。 miRNA和转录因子的深度保守。 最有名的例子要数let-7了，它几乎在所有bilaterians中都是保守的 。 （三）Cis元件的进化 在植物中，大量的miRNA的靶向关系是保守的 。 总的来说，高度保守的trans调控因子和整体上相对比较低的cis调控位点在调控机制中是很常见的。 高转换率的结合位点可能经历了较短的进化 。 （四）进化率的问题 一般我们认为抑制子要比激活子进化的更快，这是因为抑制一个基因的方式有很多，但激活的方式却很少。 转录因子是可以作为抑制子或增强子的，但miRNA却只可以作为抑制子，因此可以推断miRNA的结合位点应该比转录因子的结合位点进化的更快。 植物和动物的miRNA结合位点可能是按照相同的速率进化的。 三、代谢网络进化分析 1.模块倾向于正选择，因为在已经限定好的模块能维持细胞的功能，通过模块的进化变化能够提升其可进化性； 2. 尽管模块不能直接通过选择进化，但模块之间在进化上还是存在着存在一致性，还能通过其他可以被选择的性质。 （一）代谢网络模块性的进化分析 利用代谢网络模块得分建立其系统发育树 图中是利用模块得分构建的325个细菌代谢网络的系统发育树 图中是Proteobacteria在其分系统中模块得分的标准差：这几个层次分别是(i) Salmonella; (ii) Blochmannia; (iii)Enterobacteriaceae; (iv) Gammaproteobacteria; (v)Proteobacteria .随着模块内部的变异增多，伴随着从种到科、门、纲的逐渐递增 利用代谢网络模块得分建立其系统发育树 （二）代谢与环境互作的进化分析 代谢网络的功能一般是在一定的生化环境下行使功能，同时通过吸收和分泌各种有机和无机的化合物来和环境相互作用。 代谢网络中种子获得过程。网络首先用kosaraju的强连通组分（SCC）的方法分解，子网中的源组分就是要找的种子。图中的源组分是用红色表示的，节点颜色的饱和程度代表种子的置信程度。 Buchnera代谢网络图，红色为种子复合物 Buchnera代谢网络图，红色为种子复合物 Buchnera代谢网络图，红色为种子复合物 四、肿瘤细胞微进化 癌症组织的生态环境提供了适应性进化所需要的条件。组织内的微环境是具有多种组分的复杂的、动态的环境，这些可以影响癌症克隆的进化。例如，转化生长因子- β是癌症环境里的调控分子，其他的如炎症细胞组分也是癌症细胞生态环境的调控子。 组织的生态环境的复杂性 克隆进化的经典模型认为伴随着一系列的连续突变，一些亚克隆在群体中会占