福建农林大学生物信息学专业计算机课程实验报告.docVIP

生物信息学课程 实验报告 课程名称： 生物信息 姓 名： 系： 生物信息系 专 业： 生物信息学 年 级： 学 号： 指导教师： 职 称： 年 月 日 实验项目列表 序号 实验项目名称 成绩 指导教师 1 Pubmed的使用及文献检索 2 DNA序列数据库浏览 3 蛋白质数据库浏览 4 利用Entrez检索相关DNA或蛋白质数据库 5 利用BLAST进行数据库的相似性搜索 6 多序列比对及CLUSTALW的应用 7 蛋白质序列分析及结构搜索 8 DNA序列分析与基因发现 生物信息学课程实验报告 系： 生物信息 专业： 生物信息学 年级： 04级 姓名： 学号： 实验室号_ 计算机号 实验时间： 指导教师签字： 成绩： 实验一 Pubmed的使用及文献检索 实验目的和要求 掌握Genbank中文献数据库Pubmed的使用及其检索方法。 实验环境 Windows2000、宽带网络 实验步骤 进入GenBank HYPERLINK ; 单击Pubmed , 进入文献数据库； 在搜索框中输入“shingles or facial paralysis”，点击“Go”; 选取其中几条进行查看。 实验结果 Find references about shingles and facial paralysis. -- Display the records in the format that shows the abstract and the MeSH headings. How does PubMed map the term, shingles? 搜索得到17093条记录，选取其中３条放在附页中。 总结 PubMed服务于美国国家医学图书馆，其中包括超过17万条引文文献和其他关于生物医学的生命科学期刊。PubMed系统包括连接全文文章和其他相关资源。在Pubmed中搜索文献时要注意检索式的编写，如本次实验检索式写成“shingles and facial paralysis”则搜索结果将显示同时包含有“shingles”和“facial paralysis”的文献，与题目要求不符，因此检索式应改为“shingles or facial paralysis”。 附页： 在Pubmed中搜索到的结果截图： 3条记录的摘要： 生物信息学课程实验报告 系： 生物信息 专业： 生物信息学 年级： 04级 姓名： 学号： 实验室号_ 计算机号 实验时间： 指导教师签字： 成绩： 实验二 DNA序列数据库浏览 实验目的和要求 了解各种类型的DNA序列数据库，特别是GenBank, DDBJ 和EMBL数据库; 了解GenBank, DDBJ 和EMBL的数据记录特点及记录条目的含义。 实验环境 Windows2000、宽带网络 实验步骤 进入GenBank HYPERLINK /Genbank/index.html /Genbank/index.html,任选一记录进行察看； 进入　DDBJ HYPERLINK http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-e.html www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-e.html,任选一记录进行察看； 进入　EMBL HYPERLINK http://www.ebi.ac.uk/ www.ebi.ac.uk/,任选一记录进行察看； 弄懂各自记录条目的含义，比较他们的不同特点。 实验结果 分别浏览GenBank,DDBJ和EMBL数据库，观察他们各自的记录特点并进行比较。 将三者记录的格式及异同点放在附页中。 总结 实验中所浏览的三种DNA数据库都有采用严格的记录形式，条理清晰，用户可根据的喜好选择数据库，其中EMBL记录的内容较其他两个数据库多且详细。 附页： 　　　 　　　GenBank DDBJ EMBL 序列名称　　 　　　　Locus Locus SRS Entry ID 对序列的简单描述 Definition Defini