上机实验—BLAST与数据库相似性搜索.ppt

操作二：使用BLAST搜索相似序列 任务描述 某天，Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中又发现了一个与有丝分裂相关的基因,通过DNA测序，得到部分序列： GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT 问题： 1. 这个基因在小鼠中是哪个基因？基因的标识符是什么？这个基因在基因组上的定位是怎样的？ 2. 这个基因在人中的同源物是哪一个？标识符是什么？ 3. 在人中，这个基因标码的蛋白质是什么？具有什么样的功能？细胞亚定位在何处？这个基因是一个酶吗，什么酶？具有什么样的功能结构域？ 4. 这个基因在酵母中保守吗？如果保守，哪个基因是人中的同源物？ 5. 这个基因在人中的同源物，编码的蛋白质有3级结构的信息吗？如果有，给出在PDB中的标识符。 思路 首先在Genbank中搜索该序列的相似序列，判断其来自于那个基因 输入文件的FASTA格式： >Gene X GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT 在GenBank中进行BLAST搜索 输入序列、选择数据库、搜索参数 搜索结果 图形化描述框 Gene Info 染色体信息 基因名称 结论1： 这个基因是小鼠的Nek2 NIMA基因，基因标识符是：NM_010892.3；该基因定位于小鼠的1号染色体，位置：193399659-193737126 搜索人中的同源基因 思路：考虑到蛋白质序列更加保守，因此以小鼠该基因编码的蛋白质序列来搜索人中的相似序列 获取该基因的蛋白质序列文件 NIMA蛋白质序列文件 BLAST搜索 搜索结果 人中的同源蛋白 Conserved Domains: S_TKc 发掘人中该同源蛋白的功能 思路：获取人中的同源蛋白NP_002488.1的序列，在Uniprot中通过BLAST搜索该蛋白质序列 蛋白质序列 ExPaSy BLAST搜索 搜索结果：P51955 功能描述 Bioinformatics, 2008-2009,June, TMMU Bioinformatics, 2008-2009, June, TMMU BLAST与数据库相似性搜索 上机实验一 教学内容 了解 常用生物信息学数据库的数据格式 理解 BLAST的基本原理与基本功能 掌握 主要生物信息学数据库的访问和数据检索 使用BLAST进行相似序列搜索 使用BLASTCLUST进行序列相似度聚类 1 3 4 2 Outline 上机实验注意事项 操作一：生物信息学数据库访问与数据检索 操作二：使用BLAST搜索相似序列 操作三：使用BLASTCLUST进行相似序列聚类 上机操作注意事项 遵守计算机机房的各项规章制度 服从授课教员与计算机教研室教员的管理和安排 按课程要求和教师的规定上机操作，不得在上机过程中浏览与课程内容无关的网站 理论课内容回顾 双序列比对的基本理论与方法 BLAST的基本原理 去除低复杂度