金针菇单核体DAN3和M与其杂交双核体G1菌丝阶段基因表达差异的转录组初步分析-论文.pdfVIP

食用菌学报@2016．23(4)：1～6 DOI：10．16488／j．cnki．1005～9873．2016．04．001 金针菇单核体DAN3和M与其杂交双核体G1菌丝阶段 基因表达差异的转录组初步分析 徐珍1’2，刘建雨2，张丹2，王瑞娟2，潘迎捷1，谭琦1’2，尚晓冬2+ (1上海海洋大学食品学院，上海201306；2上海市农业科学院食用菌研究所，农业部南方食用菌资源利用重点实验室， 国家食用菌工程技术研究中心，国家食用菌加工技术研发中心，上海市农业遗传育种重点开放实验室，上海201403) 摘 双核体G1在菌丝阶段的转录组测序与数据分析，比较两个样本间的差异基因，并对差异基因进行GO功能分 析和KEGG pathway分析。结果表明：两个样本中共有显著性差异表达的基因86个，其中，在G1中呈上调、 下调表达的基因数分别为41、45个，有2个基因在G1中特异表达。GO功能分析结果表明，86个差异基因中 有40个基因比对上了Go功能注释，其中18个基因在G1中呈上调表达；单一生物过程和催化活性为显著性 富集的功能，相关基因在G1中呈上调表达。KEGG pathway分析结果表明，22个差异基因被定位到17条 Pathway，其中10个基因在G1中呈上调表达，包括赖氨酸代谢途径对应基因。一M和G1菌丝样品中赖氨酸 含量分别为1．70×103 ng／mg和1．06×103ng／mg，说明G1中上调的基因可能与之降解相关；DNA复制是显 著性富集的代谢途径，相关基因在G1中呈下调表达。 关键词：菌丝；转录组；差异表达基因；GO功能分析；KEGGpathway分析 对人体有益的成分[1]，为我国产量最高的工厂化生产菇种。 作为典型的四极异宗结合的真菌瞳]，金针菇双核菌丝的形成由两对交配型因子A、B控制[3]。A、B 因子都不同的单核菌丝质配，形成具有锁状联合的双核菌丝[4]。双核菌丝发育成的子实体成熟时，菌 褶上形成无数的担子，异核在担子中进行核配形成双倍体核，双倍体核经过减数分裂形成4个单倍体 核，每个核通过担子小梗在担子的顶端形成4个担孢子[5]。这一过程中，双核菌丝的形成是金针菇继 续有性生殖的前提，也是利用杂交育种手段开发利用金针菇菌种资源的基础。双、单核阶段生命活动 的比较研究不但有助于阐明金针菇杂种优势的表达方式，而且还能更为细致地勾画有性生殖过程中核 配前所发生的事件，促进对金针菇生殖发育的分子机制的认识。 由于金针菇质配形成双核菌丝后，细胞核并不立即融合，而是以异核的状态有序地分裂和生长，直 到核配。所以，质配前后DNA是没有变化的，变化的只是基因的转录与表达。目前，在质配前后金针 菇双核和单核阶段菌丝的表达差异的相关研究尚无报道。 传信息与蛋白质组的生物功能的必然纽带。通过对转录组的研究可以揭示生物体的基因表达、研究结 构的变异及发现新基因等。 笔者以自主选育的金针菇G1[73及其亲本单核体株DAN3和M为材料，以已完成全基因组测序的 DAN3为参考基因组，对金针菇质配前初级菌丝与质配后次级菌丝进行了转录组测序，并对它们之间 的差异表达基因进行初步分析，以期发现与双核菌丝的形成相关的基因，从转录组学方面探讨金针菇 的生长发育机制，为相关研究提供参考。 收稿日期：2016—06—15原稿；2016—08—22修改稿 基金项目：国家科技支撑项目(2013BADl6802)资助 作者简介：徐珍(1981一)，女，博士，助理研究员，主要研究方向为食用菌遗传和育种。 ’本文通讯作者E-mail：xdshang@163．com 万方数据 2 食用菌学报 第23卷 1材料与方法 1．1供试菌株 农业科学院食用菌研究所菌种保藏中心提供。 1．2参考基因组的来源 参考基因组为本单位测定单核菌株DAN3的基因组，该数据尚未公开。 1．3样品制备及总RNA的提取 d。将PDA平板上的菌 分别将供试菌株DAN3、M和G1接种于PDA平板上，21℃下避光培养7 cm×5