寡肤AsterinB和C溶液构象的NMR研究-上海有机化学研究所.PDFVIP

化学学报 ACTA CHIMICA SINICA 1996, 54 ,702 -708 寡肤 Asterin B 和 C 溶液构象的 NMR 研究 II. NMR 及分子动力学模拟 宋国强* 和汝运 石根斌 陈凯先 高金海 (中国科学院上海药物研究所 上海 200031) 摘要 利用 NMR 和分子动力学方法研究了寡肤Asterin B 和 C 的溶液构象.结果表明，Asterin B 在 溶液中形成了某种非氢键的转角结构，并由残基间的疏水相互作用使整个分子具有两亲性，这种结 构特征可能和其生物活性有关.并进一步讨论了这种结构的形成在蛋白质卷曲的起始过程中的意 义.而Asterin C 在溶液中柔性较大，存在多种构象的平均. 关键词 寡肤，转角结构，疏水作用，2D-NMR，分子动力学 在生物活性物质和相应的受体结合并发挥其生物功能时，配体和受体的三维空间结构对 这种相互作用具有决定性的影响.研究这些生物活性物质(如激素、药物等)在溶液中的兰维结 构对于了解它们的生物作用机理，设计新的更有效的受体药物是很重要的[1] 寡肤是一类很 重要的生物活性物质.它们在溶液中一般都具有较大的构象柔性，存在多种构象体的平衡.但 最近的研究发现，某些具有生物活性的寡肤在溶液中也能够形成一些较为稳定的优势构象，这 种优势构象可能和它们与受体结合时的活性构象有关[2] 现代 2D-NMR 技术己被广泛用于研究分子的主维空间结构[3] 和经典的 X 射线单晶衍 射相比， NMR 方法能够反映分子在溶液中的结构信息，因此更适合于研究生物分子在接近其 生理环境下的空间结构.另一方面，计算机分子动力学的发展也为模拟分子的三维结构提供了 一种有力的工具[4] 利用 NMR 实验的结构信息作为约束条件的约束分子动力学方法(RMD) 能够把理论计算和实验结果有机结合起来.同时分子动力学还可以利用模拟退火[5] 和溶剂的 周期性边界条件[6] 等方法，使之能够更有效更准确地反映分子在溶液中的构象性质. 1 3 4 5 1 2 3 Asterin B( LlPro - Th~ - Ser - ßPhe - Ahu - OMe , 1) 和 Asterin C( LlPro - Ahu - Ser 5 ßPhé - Thr - OMe , 2)是从中草药紫莞中分得的两个寡肤成分，其中 Asterin B 具有相当的 抗肿瘤活性[7 ， 8] 前文已经归属了它们的lH NMR 谱线，并初步讨论它们的结构特征[9] 本文 进一步结合分子动力学方法研究它们在溶液中的三维构象. 1 实验 1. 1 NMR 实验 所有 NMR 实验在 BRUKER AM - 400 上进行.样品溶于 DMSO 仇，浓度约为 15mmol 3 dm- 295-335K 范围内每隔 10K 记录一次.其它实验条件见前文[9] 变温实验在 1995 - 01 -10 收到.修改稿 1995 - 03 - 06 收到.本文曾在第八届全国波谱学会议上作大会报告.第 I 报见文献[9] 化学学报 ACTA CHIMICA SINICA 1996 703 质子间的距离约束条件从一系列不同混合时间(200， 500， 700， 1000ms) 的 NOESY 实验中 获得.根据 NOE 相关峰强度把它们分为强、中、弱兰类，并分别对应质子间距离 0.25， 0.35 和