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生物学数据库基础与实践 罗剑飞 ljfjf2002@ 华南理工大学 生物科学与工程学院 课程性质 生物学数据库基础与实践是生物相关专业的 一门选修课，具有较强的实用性。通过本课程的 学习，使学生了解生物科学领域的常用的计算机 知识，熟悉各种生物软件和数据库的使用，掌握 数据处理和实验设计的方法，以便今后开展实验 和科研工作。 教材与参考资料 课程考核方式 成绩由平时成绩和上机作业成绩组成，其中 平时成绩占50% ，上机作业成绩占50%。 ACGTGTTGGTCCATTGCTGCAATATCAACACCAGAGCAGTGATA CTTGAAGGTACCAGGCACTTGTGCAACATAGCAGTATGTTCTTG ATTCACCTGGCATTACTTTGCCAAATGGACCAGAGTGCATTTGT GATGCATGCATGTCGTTTCCGTGTGGAGTTGGTTCGTCTTCTGGG ATGGTTAGTGTCATCATTACGACGTCGCCTTGTGTGACTCTAAGT GTTGGCCCTGGGACCTGGCCACTGAAAGTCATGGCTTGGTAAGT CTTTCCGCCCAGAATTGGGAGGTCAGCACTTCTTGCGTAAAGAT CAAAGCTAACCACATTTCTTCCCTCTTCGATATTGTCGCAGTCAA CTGCGGCAAATGCCTGTGGCATAACAAGCTTCAAGCCACCCATA TCATGGATTTTTTGAGTCATGCTATCGTTTGAGGAAGCTGCCAGT GTAGAACCGACAATTTGTGATTGTGTGTATGTACTTCCGAATAAA TLFGSTYTQSQIVGSTLAASSNDSMTQKIHDMGGLKLVMPQAFAA VDCDNIEEGRNVVSFDLYARSADLPILGGKTYQAMTFSGQVPGPT LRVTQGDVVMMTLTIPEDEPTPHGNDMHASQMHSGPFGKVMPGE SRTYCYVAQVPGTFKYHCSGVDIAAMDQH BLAST /Blast.cgi Alignment Primer design /codehop.html Phylogenetic analysis 16S rRNA gene mcrA gene RDP (Ribosomal Database Project) /index.jsp Protein structure Homology modeling molecule docking FREE Article publication /kns/default.htm 开发获/存取（Open Access） 基本特征 （1 ）作者和版权人允许用户免费获取、拷贝或传播其数字化信息， 其前提是尊重其版权。 （2 ）完整的论著存储在至少一个稳定、可靠的网络服务器中，以确 保免费阅读，不受约束地传播和长期的数据库式储存。 出版形式 （1 ）OA期刊即基于OA出版模式的期刊，OAJ既可能是新创办的电 子版期刊，也可能是由已有的传统期刊转变而来。 （2 ）开放存档即研究机构或作者本人将未曾发表或已经在传统期刊 中发表过的论文作为开放式的电子档案储存。 开发获/存取（Open Access） OA出版模式的优势 （1 ）投稿方便 （2 ）出版快捷 （3 ）出版费用低廉 （4 ）便于传送或刊载大量的数据信息 （5 ）检索方便 （6 ）具广泛的读者群和显示度。 统计调查表明，OA出版可以显著提高论文的被引频次。例如，对 119,924篇公开发表的计算机科学方面的会议论文调查发现，OA