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序列比对基础与BLAST入门 序列比对基础与BLAST入门 教材 Page 68，第五章 本次课重点讲BLAST的使用 下次课上机实习BLAST 再下一次课对本次课的内容进行总结、补充和深化 问题 什么是序列比对？ 概念、目的、比对形式、 基本原理 序列比对有何用？ 应用 怎样进行序列比对？ 算法、程序 一、序列比对（alignment）的概念、目的 比对（联配） 将两条或多条（核苷酸或氨基酸）序列排列在一起，通过一定的算法找出序列之间最大相似性匹配的过程。 一、序列比对（alignment）的概念、目的 序列比对的主要目的在于阐明序列之间的同源性关系，以及从已知序列预测新序列的结构和功能。 序列比对基于一种生物学推断（进化论）： 相似性 同源性 相似的结构和功能 （问题：相似性等于同源性吗？） 相似性与同源性的关系 相似性( similarity ) 是指两个序列之间的相关程度。比如说，A序列和B序列的相似性是85％。这是个量化的关系。 同源性( homology )： 是指两个序列具有共同的祖先，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为85％则是不科学的。 相似性与同源性的关系 注意： 序列相似不一定同源（相似可能是偶然的） 序列不相似不一定不同源（高级结构相似） 总结： 一般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就越大，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源（统计学推断）。 二、序列比对的形式 双序列比对（pairwise alignment） 简单的双序列比对 序列对库的双序列比对 多重序列的比对（Multiple sequence alignment） 3条或3条以上的序列进行比对。主要用于构建系统发生树和蛋白质结构域研究等。 三、序列比对的基本原理 提出比对要考虑的问题 专业 算法（构建打分矩阵） 数学 编程 计算机 搜索数据库 计算机 给出比对结果（比对分数、显著性检验） 序列比对要考虑的问题 1 1、如何排列比较？（寻求序列之间最大相似性匹配!） 我们不能够简单的将两个序列头尾对应的排比，而是对各种可能的排比方式都进行比较以找出最佳的比对结果。 序列比对要考虑的问题 2 2、是否存在插入和缺失？（gap，空位罚分的问题 教材Page71） 连字号(-)标记插入或缺失的事件。 序列比对要考虑的问题 3 3、是否存在氨基酸的保守性替换？（相似性打分的问题） 通常在某些位点上有一些氨基酸被另外一些理化特性相似的氨基酸所代替，这种突变可称为保守性替换。保守性替换一般不会影响蛋白质的结构和功能。 与核苷酸序列比对不同，氨基酸序列比对不仅要考虑残基是否相同，还要考虑残基是否相似以及相似的不同程度。 氨基酸分类 glycine 甘氨酸 Gly G alanine 丙氨酸 Ala A valine 缬氨酸 Val V leucine 亮氨酸 Leu L isoleucine 异亮氨酸 Ile I phenylalanine 苯丙氨酸 Phe F proline 脯氨酸 Pro P tryptophan 色氨酸 Trp W serine 丝氨酸 Ser S tyrosine 酪氨酸 Tyr Y cysteine 半胱氨酸 Cys C methionine 甲硫氨酸 Met M asparagine 天冬酰氨 Asn N glutarmine 谷氨酰胺 Gln Q threonine 苏氨酸 Thr T aspartic acid 天冬氨酸 Asp D glutarmic acid 谷氨酸 Glu E arginine 精氨酸 Arg R histidine 组氨酸 His H lysine 赖氨酸 Lys K 序列比对要考虑的问题 4 4、全局比对还是局部比对？ 全局比对（global alignment）对两条核苷酸或