序列比对——生物信息学实习报告.doc

实习 二 ： 序列比对 学号 20090***** 姓名 **** 专业年级 生技技术**** 实验时间 2012.6.13 提交报告时间 2012.6.14 实验目的： 学会使用EMBOSS软件包的NEEDLE和WATER进行两条序列比对 学会使用MegAlign进行两条和多条序列比对 学会使用ClustalX和MUSCLE进行多条序列比对分析 实验内容： 两条序列比对 EMBOSS全称是The European Biology Open Software Suite，是一个开放源代码的分子生物学分析软件包。本次实习利用分别利用全局比对软件Needle和局部比对软件Water的在线版本进行。 动态规划算法全局比对（Needle）:在线软件网址为http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa，利用火狐浏览器进入，选择Needle工具对自己选择的序列进行序列全局比对。 动态规划算法局部比对（Water）：在线软件网址为http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa，利用火狐浏览器进入，选择Water工具对自己选择的序列进行序列局部比对，并和Needle比对结果进行比较，分析差异产生的原因。 利用MegAlign软件分别对核酸序列和蛋白质序列进行两条和多条序列比对，并分析比对结果。 利用Clustalx软件分别对核酸序列和蛋白质序列进行多条序列比对，并分析比对结果。 利用MUSCLE在线工具分别对核酸序列和蛋白质序列进行多条序列比对，并分析比对结果。 比较MegAlign，Clustalx，MUSCLE比对结果的异同。 作业： 从上节课搜索到的同源核酸和蛋白质序列中各任意选两条，分别使用Needle和water进行比对，分析对比结果是否存在差异，为什么？ 答：选用核酸序列为NM_002964.4和XM_001137986.1；选用蛋白质序列为：XP_001110530.1和NP_001139616.1。 核酸比对中，Needle比对结果和water比对结果存在差异： water：Length: 541， Identity: 445/541 (82.3%)， Similarity: 445/541 (82.3%)， Gaps: 78/541 (14.4%) ，Score: 1962.0 needle： Length: 563，Identity: 445/563 (79.0%)，Similarity: 445/563 (79.0%) ，Gaps: 99/563 (17.6%)， Score: 1958.0 在核酸比对中可以看出，相同的罚分标准下，water比对得分较高，比对的一致性、相似性更高，引入的空位更少。 蛋白质比对中，Needle比对结果和water比对结果存在差异： Water： Length: 89，Identity: 68/89 (76.4%)，Similarity: 84/89 (94.4%)， Gaps: 0/89 ( 0.0%)，Score: 390.0 Needle： Length: 93，Identity: 68/93 (73.1%)，Similarity: 84/93 (90.3%)，Gaps: 4/93 ( 4.3%)，Score: 390.0 在蛋白质比对中可以看出，相同的罚分标准下，虽然water和needle得分相同，但是water匹配长度比needle短，一致性，相似性更高，没有引入空位。 造成上述差异的原因是，needle进行的是序列的全局比对，而water进行的是序列的局部比对。Needle比对时，会尽可能使2个序列在全序列长度上排列比对，而water比对时尽可能使序列局部达到最优比对。因此，更多时候，局部比对比对的匹配性更好，因此在相同的罚分标准下得分比全局比对更高。 选择两条序列使用MegAlign进行全长比对，比对结果设置为红色突出显示匹配字符。再将序列选择部分区域进行比对（通过faeature table选择（需要Genbank格式序列）或通过坐标coordinate选择（Fasta格式序列即可）），设置对比结果为匹配字符绿色，错配字符红色，用蓝色竖线表示一致序列，不显示标尺。 答：选取的两条序列分别为： gi|315221156|ref|NM_002964.4| Homo sapiens S100 calcium binding protein A8 (S100A8), mRNA gi|113930764|ref|NM_013650.2| Mus musculus S100 calcium binding p