黄连基因组勘测与分析 (1).pdfVIP

2Ol4年 11月 四川大学学报 (自然科学版) NOV． 2014 第 51卷 第6期 JournalofSichuanUniversity (NaturalScienceEdition) Vo1．51 NO．6 doi：103969／j．issn．0490—6756．2014．06．038 黄连基因组勘测与分析 孙 全 ，何晓红 ，牟 军 ，蔡应繁 。 (1．重庆邮电大学生物信息学院，重庆，400065；2．河南大学生命科学学院， 棉花生物学 国家重点实验室 ，河南省植物逆境生物学重点实验室，开封 ，475004) 摘 要：本研究基于下一代测序技术 ，对黄连基 因组进行 了勘测 ，构建 了两个插入 片段大小 分别为 200bp和 500bp的文库 ，进行 了深度约 3OX的测序 。通过 测序获得 了54Gb的原始数 据，过滤后得到 44．8G数据。通过 SOAPdenove软件组装后初步获得 了 contig和 Scaffold 序列，进一步分析结果显示其基因组大小为 l，116Mb左右，大约具有 1．1 的杂合度 ，说 明 要完成该物种的全基 因测序可能在使用鸟枪法的同时，还应该联合 BAC文库测序等 多种方 法．对这些数据进行 了初步的组装，获得 了130，381条 scaffold序列． 关键词 ：黄连；基因组；测序 ；分析 中图分类号 ：Q349 文献标识码 ：A 文章编号：0490—6756(2014)06—1330—05 GenomesurveysequencingandanalyzingofCoptischinensis basedonnext—generation sequencing SUN Quan ，HEXiao～Hong ，MOUJun ，CAIYing—Fan’ (1．CollegeofBioinformation，ChongqingUniversityofPostsandTelecommunications，Chongqing400065，China； 2．StateKeyLaboratoryofCottonBiology，HenanKeyLaboratoryofPlantStressBiology，SchoolofLifeSciences， HenanUniversity，Kaifeng475004，China) Abstract：ThisresearchinvestigatesthegenomeofCoptischinensiswhichbasedonthenextgeneration sequencingtechnology．Twolibrarieswithinsertfragmentsequencesabout2OObpand 500bpwerecon— structedandthesequenceddepthabout30x．About44．8Gbreadswereobtained，afterfilteringthelow qualityof54Gbraw data．Thedatawereusedforfurtheranalysis，andTheresultdatashowstheCoptis chinensisgenomesizeisnearly1，116Mbandtheheterozygosityofitisabout1．196／．Itsuggestthatnot onlytheshotgunmethodbutothermethodssuchascombiningBAC librarysequencingshouldbeusedto completingthewholegenomesequenceofCoptischinensis．Thisresearchassembledthesedataprelimi— naryandgot130381scaffold sequenceswhich couldofferafoundation anda guidanceforth