河大生科院生物信息学考试复习题答案完整版.doc

名词解释 生物信息学: 生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的一门学科，它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。 基因芯片: 又称DNA阵列或DNA芯片是一块带有DNA微阵列（micorarray）的特殊玻璃片或硅芯片片，在数平方厘米之面积上布放数千或数万个核酸探针；检体中的DNA、cDNA、RNA等与探针结合后，借由荧光或电流等方式侦测。 中心法则: 是指遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的复制过程。 一级数据库: 一级数据库主要包括原始数据，例如DNA序列、蛋白质序列和蛋白质结构等信息。数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释。 名词辨析 信息技术与生物信息学 ：信息技术是研究信息的获取、传输和处理的技术，由计算机技术、通信技术、微电子技术结合而成，即是利用计算机进行信息处理，利用现代电子通信技术从事信息采集、存储、加工、利用以及相关产品制造、技术开发、信息服务的新学科。是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的一门学科，它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。单倍体细胞中的全套染色体，或是单倍体细胞中的全部基因。 两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度。 BlastnTblastn ：blastn方法是用检测序列核酸搜索核酸序列数据库，它适合寻找分值较高的匹配，不适合远源关系。而tblastn是用检测序列蛋白质搜索由核酸序列数据库按6条链翻译成的蛋白质序列数据库。它适合寻找数据库中尚未标注的编码区。 CDS与cDNA ：CDS是内容分发服务的缩写，内容分发服务是互联网的一项新技术。与RNA链互补的单链DNA，以其RNA为模板，在适当引物的存在下，由RNA与DNA进行一定条件下合成的，就是cDNA。 指的是不同物种之间的同源性，例如蛋白的同源性，DNA序列的同源性。旁系同源是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新的与原来有关的功能。用来描述在同一物种内由于基因复制而分离的同源基因。 昆虫对某些低剂量的化学物质或其他物理因子能迅速地引起反应的特性。成对成组对象相互之间的必然对应选择关系。 序列相似性比较序列同源性分析数据库搜索和数据库查询 简答题 生物信息学数据库的组成包括哪些部分？数据库有哪些类型？ 答：生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据库的类型包括核算和蛋白质一级结构序列数据库、基因组数据库、生物大分子三维空间结构数据库、以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。 简要介绍 GenBank中的DNA序列格式。 答：GenBank中的DNA序列格式可以分成三个部分，第一部分为描述符，从第一行LOCUS行到ORIGIN行，包含了关于整个记录的信息；第二部分为特性表，从FEATURES行开始，包含了注释这一纪录的特性，是条目的核心，中间使用一批关键字；第三部分是核苷酸序列的本身。 简要介绍FASTA序列格式 答：在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释。 生物信息学数据库的要求和基本特征是什么？ 生物信息学的基本方法有哪些？ 答：1. 建立生物数据库：核苷酸顺序数据库(GENBANK)、Protein Data Bank(PDB)、氨基酸顺序数据库(SWISS-PRO)、酵母基因组数据库(YEASTS)、美国种质保藏中心(ATCC)、美国专利局数据库(USPO)等； 2. 数据库检索：如Blast等； 3. 序列分析：序列对位排列、同源比较、进化分析等； 4. 统计模型：如隐马尔可夫模型(hidden Markov model, HMM)――基因识别、药物设计；最大似然模型(maximun likelihood model, ML)、 最大简约法(Maximun Parsimony, MP)――分子进化分析等； 5. 算法：如自动序列拼接、外显子预测和同源比较、遗传算法、人工神经网络(artificial neural network)等。 生物信息学的目标和任务？ 答：收集和管理生物分子数据；数据分析和挖掘；开发分析工具和实用软件：生物分子序列比较工具、基因识别工具、生物分子结构预测工具、基因表达数据分析工具。 生物信息学主要研究内容。 答：（1）生物分子数据的收集与管理；（2）数据库搜索及序列