全外显子组测序儿童疾病诊断新思路.pdfVIP

·４· ＣｈｉｎＪＥｖｉｄＢａｓｅｄＰｅｄｉａｔｒ　Ｆｅｂｒｕａｒｙ２０１５，Ｖｏｌ１０，Ｎｏ１ ·综述· ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７３５５０１．２０１５．０１．００２ 全外显子组测序：儿童疾病诊断新思路 １，４ ３，４ ２ ２ 马丁艾遥 　马丁艾路 　王慧君 　周文浩 　　纵观人类遗传学的发展，不断有新兴技术被运用于疾 相同疾病家系的核心成员进行 ＷＥＳ。每个家系中的患病 病病因的研究中。从各种流行病学研究设计到如今广泛采 个体选取３～５个样本，正常个体选取 １～２名作为对照进 ［１］ 行研究。按照疾病模型（常染色体显性遗传、常染色体隐 用的以假说为导向的候选基因法 ，从以家庭为基础的遗 ［２～４］ ［５～８］ 性遗传等）及样品的家系信息对测序得到的结果进行分 传连锁研究 到全基因组关联研究（ＧＷＡＳ） ，虽然 这些方法均能在不同程度上反映疾病的遗传易感性，但仍 析，缩小候选变异的范围，经过多种注释、筛选后过滤对功 不可避免地存在许多限制［９～１３］。而人类基因组图谱的完 能无影响的变异及公共数据库中的常见变异，再使用传统 成和新一代高通量测序技术的出现，为疾病病因的研究提 ＰＣＲ测序进行样本扩大化验证及相关的功能研究，最终确 ［１４］ 定疾病相关变异。 供了全新的思路 。外显子组序列仅占全基因组序列的 １％，但大多数与疾病相关的变异位于外显子区［１５～１７］，基因 若为散发样本，由于样本间没有血缘关系，遗传背景相 组定向捕获工具的出现使外显子组测序成为可能。近５年 差较大，测序得到的结果也较难分析。使用散发样本进行 在ＰｕｂＭｅｄ上发表的外显子组研究相关文章已达２０００余 ＷＥＳ时需要更大的样本量（＞３０例），方能得到更为准确 篇，对数百种疾病展开了深入研究，临床诊断的文章也开始 和有价值的结果。对大量患病个体的测序数据进行多样本 报道，可见利用全基因组外显子测序（ＷＥＳ）寻找人类疾病 分析，从而确定候选疾病相关变异，再用传统ＰＣＲ测序在 的致病基因，是近年发展起来的研究疾病致病机制的重要 其他的相同疾病患病个体和正常人群中做进一步验证。 方法之一。 ２　ＷＥＳ是疾病诊断的利器 ［１９］ １　ＷＥＳ应用于临床诊断的基本策略 　　２００９年 ８月，Ｎｇ等 通过 ＷＥＳ从 ４例 Ｆｒｅｅｍａｎ 　　ＷＥＳ是利用序列捕获技术将全基因组外显子区域 Ｓｈｅｌｄｏｎ综合征（ＦＳＳ）患者的ＤＮＡ中准确找出了致病基因 ＤＮＡ捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。 ＭＹＨ３，首次证明了ＷＥＳ在确定罕见疾病致病基因上的应 ［２０］ 大致分为３个步骤： 将人类基因组中所有已知的编码蛋 用价值。仅１个月后，Ｃｈｏｉ等 运用 ＷＥＳ在先天性氯丢 ① 白质的基因序列进行富集，即对全基因组外显子进行捕获、 失腹泻患者中发现了新的致病基因突变位点ＳＬＣ２６Ａ３，其 扩增；富集后，待测序序列总量大幅降低，但基因信息总量 研究更重要的意义在于纠正了先前临床的错误诊断，凸显 却下降不多。 应用新一代测序技术对富集保留的ＤＮＡ 出ＷＥＳ在发现新的致病基因和临床诊断上的准确性。 ②