北京大学 化学信息学 course-13 三维结构的实验数据资源 基于三维结构的计算方法.pptVIP

化学信息学 第十二讲 三维结构的实验数据资源 基于三维结构的计算方法 剑桥晶体结构数据库（CSD） 有机物、有机金属和金属复合物 二维结构/三维结构 晶体学数据（空间群、晶胞参数）、X-ray/neutron 衍射数据等 参考文献 蛋白质数据库: PDB Http:///pdb 大于10,000个大分子三维结构 包括蛋白质、碳水化合物、DNA、DNA/蛋白复合物 X-ray/Neutron衍射、NMR、结构计算 其它非实验数据计算得到的三维结构数据库 商用化合物库 CA Beilsten CMC ACD-3D 开放数据库和专有数据库 NCI 其它非实验数据计算得到的三维结构数据库 专业数据库 天然产物 DNP NAPALERT 代谢库 Metabolite 毒性库 Toxicity 药物分子库 MDDR-3D WDI 计算机辅助药物设计的一般过程 基于三维结构的计算方法 定量构效关系：QSAR 简介 2D-QSAR 3D-QSAR 结构描述符分类 建模方法 定量构效关系：QSAR 简介 1867年，Crum-Brow和Fraser提出构效关系的概念 1900年，Overton和Meyer等提出了麻醉作用的类脂学说，即化学结构各异的麻醉剂其活性随着脂－水分配系数的增加而增加，这可能是最早提出的化合物生理活性和物理化学性质之间的定量关系模型。 Hansch法和Free-Wi