乳腺癌组织学分级下目标基因提取及转录调控网络构建.pdfVIP

安徽医科大学学报摇 Acta Universitatis MedicinalisAnhui摇 2014 Oct;49(10) ·1365 · 乳腺癌组织学分级下目标基因提取及转录调控网络构建 1 1 2 1 孔摇 薇 ,李海燕 ,牟晓阳 ,杨摇 旸 摘要摇 目的摇 乳腺癌类型和分级多样性导致其预后差别显 1摇 材料与方法 著,探寻乳腺癌不同分级情况下的基因表达差异及调控关系 能够为乳腺癌致病机制的发现提供重要依据。 方法摇 对不 1.1数据来源摇 选用的乳腺癌基因表达数据来自美 同分级下的乳腺癌基因表达数据利用快速独立成分分析 国国立生物技术信息中心(national center for bio鄄 (FastICA)方法提取特征基因,并结合人类蛋白质相互作用 technology information,NCBI)基因表达数据库中的 (PPI)数据选取目标基因。 在此基础上,结合转录因子对靶 数据集 GSE42568。 该数据集收集 104 例乳腺癌患 基因调控的先验信息,利用网络成分分析(NCA)方法对与乳 者样本,年龄31~89岁,平均年龄58岁,包括11个 腺癌发病有密切关系的转录因子及其靶基因构建转录调控 乳腺癌 玉级(G1,高分化)样本、40 个乳腺癌域级 网络。 结果摇 筛选出的基因经过数据库验证与乳腺癌相关 (G2,中分化)样本和53 个乳腺癌芋级(G3,高分 的占48郾15%,构建的调控网络发现了多个转录因子及靶基 化)样本,另取了17个正常的乳腺组织作为对照样 因在不同分级情况下的活性变化趋势。 结论摇 FastICA算法 本。 人类蛋白质 -蛋白质相互作用(protein鄄protein 结合PPI数据提取目标基因的方法较为有效,通过 NCA算 interaction,PPI)数据来自BioGRID (Biological Gen鄄 法构建的转录调控网络为研究乳腺癌发生发展机制提供了 eral Repository for Interaction Datasets,http:/ / thebio鄄 新的方法。 / ),该数据库存放有酵母菌、人类等蛋白质 关键词摇 乳腺癌;基因表达数据;快速独立成分分析;蛋白质 的相互作用数据,本文采用的发布版本为3郾2郾104, 相互作用数据;网络成分分析 包含人类18 170个蛋白节点和139539对蛋白相互 中图分类号摇 Q343.1 作用关系。 转录因子对基因的调控关系库选用IT鄄 文献标志码 A 文章编号 1000-1492(2014)10-1365-06 FP(Integrated Transcription Factor Platform,http:/ / 摇 摇 乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一,国内外 / itfp/ ),该平台提供了人类转录因子 发病率呈逐年上升趋势,已经高居女性恶性肿瘤发 4 105个,靶基因1974 个,以及转录因子 -靶基因 [1] 69496个调控对的信息。 病率的首位 。 目前医学上对乳腺癌的发病机制 尚不清楚。 乳腺癌的组织学分级是